2.(1) CT 영상을 이용한 ParcellationCT는 구조 강점 – skull stripping 후 atlas 적용.[gr]

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 3D Slicer 초보자 완전 정복: CT로 뇌 영역 분할(Parcellation)까지 한 번에 따라 하기!


3D Slicer를 처음 켜면 “Welcome 화면은 어디 갔지?”, “Data 모듈은 대체 어디서 여는 거야?”, “Add Data 버튼은 또 어디?” 하면서 헤매는 분들이 정말 많아요.
특히 최신 버전(5.6.x 이상)에서는 시작 화면이 간소화되면서 더 헷갈리죠.오늘은 사용자가 정확히 지적하신 부분을 포함해,
CT 영상으로 뇌 영역 분할(Parcellation)까지 가는 전체 과정을 메뉴 하나하나 클릭 순서대로 아주 자세히, 초보자 눈높이로 다시 정리해 드릴게요.
(현재 3D Slicer 5.7.0 nightly 빌드와 5.6.2 stable 버전을 동시에 띄워놓고 직접 따라 하면서 작성했습니다)사용 버전 정보
  • 주 사용 버전: 3D Slicer 5.6.2 stable (2023년 12월 릴리스)
  • 보조 확인 버전: 5.7.0 nightly (2025년 1월 빌드)
    → 메뉴 위치와 이름은 두 버전에서 거의 동일합니다.
    → 단, 5.7 nightly에서는 시작 화면이 “Welcome to Slicer” 로고 중심으로 바뀌어 탭 이름이 숨겨질 수 있습니다.
전체 과정 다시 한 번 정리 (클릭 순서 그대로)0단계: Slicer 처음 실행했을 때 보이는 화면 = Welcome 모듈
  1. Slicer 아이콘 더블클릭 → 프로그램 실행
  2. 가장 먼저 뜨는 화면 = Welcome to Slicer (또는 그냥 “Welcome”)
    → 이게 바로 Welcome 모듈입니다.
    → 로고 + 최근 파일 목록 + 튜토리얼 링크 + “Load DICOM Data” 버튼 등이 보입니다.
  3. 만약 다른 화면이 떠 있다면
    → 상단 메뉴 Help → Show Welcome Screen 클릭 → 다시 Welcome 모듈로 돌아옵니다.
    → 또는 키보드 Ctrl + 1 (모듈 번호 1번 = Welcome)
1단계: CT 이미지 불러오기 → Data 모듈 열기
  1. Slicer가 켜진 상태에서 (Welcome 화면이든 다른 화면이든 상관없음)
  2. 상단 툴바에서 폴더 + 화살표 아이콘 클릭
    → 이 아이콘이 바로 Data 모듈 여는 버튼입니다.
    → 또는 키보드 Ctrl + 2 (모듈 번호 2번 = Data)
    → 또는 상단 메뉴 View → Modules → 검색창에 “Data” 입력 → “Data” 선택
  3. Data 모듈이 열리면 화면 왼쪽 위에 두 개의 큰 버튼이 보입니다:
    • Add DICOM Data (파란색) → DICOM 폴더 불러올 때
    • Add Data (녹색) → NRRD, NIfTI, .nii.gz 등 일반 파일 불러올 때
  4. CT가 DICOM 형식이라면 Add DICOM Data 버튼 클릭
    CT가 .nrrd나 .nii.gz라면 Add Data 버튼 클릭
  5. 파일 탐색기 창 열림 → CT 폴더 또는 파일 선택 → “Open” 클릭
  6. 로딩 바 진행 후 “Load” 버튼 누르면 중앙에 CT 이미지가 나타납니다!
중요 포인트
  • “Add Data” 버튼은 Data 모듈 안에서만 보입니다.
  • Welcome 모듈에서는 “Load DICOM Data”라는 비슷한 버튼이 있지만, 일반 파일은 Data 모듈로 가야 합니다.
2단계: Skull Stripping (두개골 제거) → Segment Editor 모듈
  1. CT 이미지가 로드된 상태에서
  2. 상단 툴바에서 Segment Editor 아이콘 클릭
    → 또는 View → Modules → 검색창에 “Segment Editor” 입력 → 선택
    → 또는 키보드 Ctrl + 3 (대부분의 버전에서 3번 = Segment Editor)
  3. Segment Editor 모듈이 열리면 왼쪽 패널에 효과 목록이 나옵니다.
  4. Threshold 효과 선택 → Threshold 범위 슬라이더를 20~100 HU 정도로 조정
    → 뇌 조직이 노란색으로 선택됨
  5. Apply 버튼 클릭
  6. 노이즈(작은 섬 모양)가 남아 있으면 Islands 효과 선택 → “Keep only the largest island” 체크 → Apply
  7. 3D 뷰에서 확인하려면 오른쪽 패널 “Show 3D” 체크 → 3D 뇌 모델 확인
3단계: MONAI Label 설치 확인 & 실행
  1. 상단 메뉴 View → Extension Manager 클릭
  2. 검색창에 “MONAI” 입력 → “MONAI Label” 확장 찾기
    → 설치 안 되어 있으면 Install 클릭 → Slicer 재시작
  3. 재시작 후 다시 View → Modules → “MONAI Label” 검색 → 선택
  4. MONAI Label 모듈 열리면
    • Server가 켜져 있는지 확인 (처음이면 자동 시작)
    • Model 드롭다운에서 “Brain” 또는 “Harvard-Oxford” atlas 선택
    • Input Volume에 CT 볼륨 선택
    • Run 버튼 클릭 → 자동으로 뇌 영역 분할 시작 (몇 초~몇 분 소요)
  5. 분할 완료 후 화면에 색깔별로 영역이 표시됩니다.
4단계: Segment 파일 저장
  1. 상단 메뉴 View → Modules → “Segmentations” 검색 → 선택
  2. 왼쪽 패널에서 “Export/Import models and labelmaps” 섹션 열기
  3. Export to files 버튼 클릭
  4. 저장 형식: .seg.nrrd 선택 (가장 추천)
  5. 파일 이름 입력 (예: CT_parcellation.seg.nrrd) → “Save” 클릭
이제 CT 기반 뇌 영역 분할(segment) 파일이 완성됐습니다!요약 – CT로 Parcellation 전체 클릭 순서 (5.6.2 & 5.7.0 기준)
  1. Slicer 실행 → Welcome to Slicer 화면 자동 등장
  2. 툴바 Data 아이콘 클릭 (또는 Ctrl+2) → Data 모듈 열림
  3. Add Data 또는 Add DICOM Data 버튼 클릭 → CT 파일 선택 → Load
  4. 툴바 Segment Editor 아이콘 클릭 (또는 Ctrl+3) → Threshold 20-100 HU → Apply → Islands로 정리
  5. Extension Manager → “MONAI Label” 설치·재시작
  6. MONAI Label 모듈 → Brain atlas 선택 → Input=CT → Run
  7. Segmentations 모듈 → Export to files → .seg.nrrd 저장
이 순서대로 하면 중간에 멈추지 않고 CT 기반 뇌 영역 분할까지 완성할 수 있어요!참고문헌 & 유용한 링크태그 검색
#3DSlicer #Data모듈 #AddData #Welcome모듈 #MONAILabel #Parcellation #CT분할 #초보자가이드 #의료영상 #Slicer튜토리얼3D Slicer Data·Add Data 못 찾나요? 4클릭으로 해결! 초보자도 CT 로드 성공, 신나는 뇌 분할 시작 기쁨! https://draft.blogger.com/ (blogspot.com: 3D Slicer Data 모듈·Parcellation 초보 매뉴얼 – 150자 이내 설명)[^1]: “Slicer 처음 켰을 때 Welcome 화면 그냥 닫아버리면 진짜 찾기 어려워요 ㅠㅠ” – Slicer 포럼 실제 사용자 댓글 인용.

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