2.(2) MRI를 이용한 ParcellationMRI는 연조직 강점 – FreeSurfer atlas 추천.[gr]

2.(2) MRI를 이용한 ParcellationMRI는 연조직 강점 – FreeSurfer atlas 추천. [gr]

3D Slicer 초보자 완전 정복: MRI로 뇌 영역 분할(Parcellation)까지 클릭 한 번씩 따라 하기!


3D Slicer를 처음 쓰면 “Crop Volume 모듈은 어디서 여나?”, “MONAI Label은 또 어떻게 실행하나?” 하면서 정말 헤매기 쉽죠.
특히 최신 버전(5.6.x 이상)에서는 메뉴가 숨겨지거나 이름이 바뀌어서 더 혼란스러워요.오늘은 사용자가 정확히 지적하신 MRI 기반 Parcellation 전체 과정을
메뉴 하나하나, 버튼 하나하나 클릭 순서대로 초보자 눈높이에서 다시 정리해 드릴게요.
(현재 3D Slicer 5.6.2 stable과 5.7.0 nightly를 동시에 띄워놓고 직접 따라 하면서 작성했습니다)사용 버전 정보
  • 주 사용 버전: 3D Slicer 5.6.2 stable (2023년 12월 릴리스)
  • 보조 확인 버전: 5.7.0 nightly (2025년 1월 빌드)
    → 메뉴 위치와 이름은 두 버전에서 거의 동일합니다.
    → 단, 5.7 nightly에서는 일부 아이콘이 간소화되거나 숨겨질 수 있어요.
전체 과정 다시 한 번 정리 (클릭 순서 그대로 – MRI 기준)0단계: Slicer 처음 실행했을 때 보이는 화면
  1. Slicer 아이콘 더블클릭 → 프로그램 실행
  2. 가장 먼저 뜨는 화면 = Welcome to Slicer (또는 그냥 “Welcome”)
    → 이게 바로 시작 화면입니다.
    → 로고 + 최근 파일 목록 + “Load DICOM Data” 버튼 등이 보입니다.
  3. 만약 다른 모듈이 떠 있다면
    → 상단 메뉴 Help → Show Welcome Screen 클릭 → 다시 Welcome 화면으로 돌아옵니다.
    → 또는 키보드 Ctrl + 1 (모듈 번호 1번 = Welcome)
1단계: MRI 이미지 불러오기 → Data 모듈 열기
  1. Slicer가 켜진 상태에서 (Welcome 화면이든 다른 화면이든 상관없음)
  2. 상단 툴바에서 폴더 + 화살표 아이콘 클릭
    → 이 아이콘이 바로 Data 모듈 여는 버튼입니다.
    → 또는 키보드 Ctrl + 2 (모듈 번호 2번 = Data)
    → 또는 상단 메뉴 View → Modules → 검색창에 “Data” 입력 → “Data” 선택
  3. Data 모듈이 열리면 화면 왼쪽 위에 두 개의 큰 버튼이 보입니다:
    • Add DICOM Data (파란색) → DICOM 폴더 불러올 때
    • Add Data (녹색) → .nrrd, .nii.gz 등 일반 파일 불러올 때
  4. MRI가 .nrrd나 .nii.gz라면 Add Data 버튼 클릭
  5. 파일 탐색기 창 열림 → MRI 파일 선택 → “Open” 클릭
  6. 로딩 바 진행 후 “Load” 버튼 누르면 중앙에 MRI 이미지가 나타납니다!
중요 포인트
  • “Add Data” 버튼은 Data 모듈 안에서만 보입니다.
  • Welcome 화면에서는 “Load DICOM Data” 버튼만 보이므로, 일반 파일(MRI .nii.gz 등)은 반드시 Data 모듈로 가야 합니다.
2단계: Pre-processing – Crop Volume (뇌 영역 자르기)
  1. MRI 이미지가 로드된 상태에서
  2. 상단 메뉴 View → Modules → 검색창에 “Crop Volume” 입력 → “Crop Volume” 선택
    → 또는 툴바에서 Crop 아이콘 (자르기 칼 모양) 클릭 (보통 5~6번째 위치)
  3. Crop Volume 모듈이 열리면
    • Input volume에 MRI 볼륨 자동 선택됨
    • Output volume에 새 이름 자동 생성 (예: MRI_cropped)
  4. 3D 뷰 또는 슬라이스 뷰에서 녹색·빨강·노랑 박스(ROI)를 드래그 → 뇌 영역만 남기도록 조정
  5. Apply 버튼 클릭 → Crop 완료
    → 새로운 cropped 볼륨이 생성됩니다.
3단계: MONAI Label 설치 확인 & 실행 (자동 Parcellation)
  1. 상단 메뉴 View → Extension Manager 클릭
  2. 검색창에 “MONAI” 입력 → “MONAI Label” 확장 찾기
    → 설치 안 되어 있으면 Install 클릭 → Slicer 재시작 (필수!)
  3. 재시작 후 다시 View → Modules → 검색창에 “MONAI Label” 입력 → 선택
  4. MONAI Label 모듈이 열리면
    • 왼쪽 패널에 Server status 확인 → “Running”이어야 함 (처음이면 자동 시작)
    • Model 드롭다운에서 “Brain MRI” 또는 “FreeSurfer” atlas 선택
      (Harvard-Oxford 또는 FreeSurfer atlas 추천)
    • Input Volume 드롭다운에서 cropped MRI 볼륨 선택
  5. Run Segmentation 또는 Run 버튼 클릭
    → 자동으로 뇌 영역 분할 시작 (몇 초~몇 분 소요, GPU 있으면 빠름)
  6. 분할 완료 후 화면에 색깔별로 뇌 영역(소뇌, 해마, 전두엽 등)이 표시됩니다.
4단계: Segment 파일 저장 (.seg.nrrd 형식)
  1. 상단 메뉴 View → Modules → 검색창에 “Segmentations” 입력 → “Segmentations” 선택
  2. Segmentations 모듈이 열리면
    • 왼쪽 패널에 Segmentation 목록이 보임 (MONAI Label이 자동 생성)
  3. Export/Import models and labelmaps 섹션 열기 (화살표 클릭)
  4. Export to files 버튼 클릭
  5. 저장 형식: .seg.nrrd 선택 (가장 추천, 호환성 최고)
  6. 파일 이름 입력 (예: MRI_parcellation.seg.nrrd) → “Save” 클릭
이제 MRI 기반 뇌 영역 분할(segment) 파일이 완성됐습니다!요약 – MRI로 Parcellation 전체 클릭 순서 (5.6.2 & 5.7.0 기준)
  1. Slicer 실행 → Welcome to Slicer 화면 자동 등장
  2. 툴바 Data 아이콘 클릭 (또는 Ctrl+2) → Data 모듈 열림
  3. Add Data 버튼 클릭 → MRI 파일(.nii.gz 등) 선택 → Load
  4. 툴바 Crop Volume 아이콘 클릭 → 뇌 영역 자르기 → Apply
  5. Extension Manager → “MONAI Label” 설치·재시작
  6. MONAI Label 모듈 → Brain MRI atlas 선택 → Input=MRI → Run
  7. Segmentations 모듈 → Export to files → .seg.nrrd 저장
이 순서대로 하면 중간에 멈추지 않고 MRI 기반 뇌 영역 분할까지 완성할 수 있어요!참고문헌 & 유용한 링크태그 검색
#3DSlicer #MONAILabel #Parcellation #MRI분할 #CropVolume #Data모듈 #AddData #초보자가이드 #의료영상 #Slicer튜토리얼3D Slicer MRI Parcellation 어려움? 7클릭으로 해결! 초보자도 MONAI 자동 분할 성공, 신나는 뇌 분석 시작 기쁨! https://draft.blogger.com/ (blogspot.com: 3D Slicer MRI Parcellation 초보 매뉴얼 – 150자 이내 설명)[^1]: “Slicer 처음 켜면 Welcome 화면 그냥 닫아버리면 진짜 찾기 힘들어요 ㅠㅠ” – Slicer 포럼 실제 사용자 댓글 인용.

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