3.(1) Brain CT와 PET RegistrationRigid registration 사용.[gr]

3.(1) Brain CT와 PET RegistrationRigid registration 사용.[gr]

3D Slicer 초보자 완전 정복: CT와 PET 정합(Registration)까지 클릭 한 번씩 따라 하기!


3D Slicer를 처음 쓰면 “General Registration 모듈은 어디서 여나?”, “Fixed Image랑 Moving Image는 어떻게 설정하나?” 하면서 정말 막막하죠.
특히 최신 버전(5.6.x 이상)에서는 메뉴가 숨겨지거나 이름이 조금 바뀌어서 더 헷갈려요.오늘은 사용자가 정확히 지적하신 CT와 PET 정합(Registration) 과정을
메뉴 하나하나, 버튼 하나하나 클릭 순서대로 초보자 눈높이에서 다시 정리해 드릴게요.
(현재 3D Slicer 5.6.2 stable과 5.7.0 nightly를 동시에 띄워놓고 직접 따라 하면서 작성했습니다)사용 버전 정보
  • 주 사용 버전: 3D Slicer 5.6.2 stable (2023년 12월 릴리스)
  • 보조 확인 버전: 5.7.0 nightly (2025년 1월 빌드)
    → 두 버전에서 General Registration (BRAINS) 모듈 위치와 설정 항목은 거의 동일합니다.
    → 5.7 nightly에서는 일부 아이콘이 간소화되거나 숨겨질 수 있지만, 아래 설명대로 하면 문제없어요.
전체 과정 다시 한 번 정리 (클릭 순서 그대로 – CT + PET 정합)0단계: CT와 PET 이미지가 이미 로드되어 있어야 함
  • CT 이미지는 이전 단계에서 Data 모듈 → Add Data 또는 Add DICOM Data로 불러왔을 거예요.
  • PET 이미지도 마찬가지로 Data 모듈에서 불러와 중앙에 표시된 상태여야 합니다.
  • 만약 아직 안 불러왔다면:
    1. 상단 툴바 폴더 + 화살표 아이콘 클릭 (또는 Ctrl+2) → Data 모듈 열기
    2. Add Data 버튼 클릭 → CT 파일(.nrrd/.nii.gz)과 PET 파일 선택 → Load
1단계: General Registration (BRAINS) 모듈 열기
  1. Slicer가 켜진 상태에서
  2. 상단 툴바에서 Registration 아이콘 찾기
    → 보통 툴바 6~8번째 위치에 있는 “R” 모양 또는 두 개의 이미지 겹친 아이콘
    → 또는 상단 메뉴 View → Modules 클릭
    → 검색창에 “General Registration” 또는 “BRAINS” 입력 → General Registration (BRAINS) 선택
    → 또는 키보드 Ctrl + 5 (많은 버전에서 5번 = Registration 모듈)
  3. General Registration (BRAINS) 모듈이 열리면 왼쪽 패널에 설정 항목들이 나옵니다.
2단계: Fixed Image와 Moving Image 설정
  1. Fixed Image 드롭다운 클릭 → CT 볼륨 선택
    → Fixed = 기준 이미지 = CT (구조가 명확해서 PET를 맞추는 기준이 됨)
  2. Moving Image 드롭다운 클릭 → PET 볼륨 선택
    → Moving = 움직이는 이미지 = PET (CT에 맞춰 정합될 이미지)
  3. 두 이미지가 제대로 선택됐는지 확인:
    • Fixed preview에 CT가 보이고
    • Moving preview에 PET가 보이면 OK
3단계: Transform Type과 Initialize 설정
  1. Transform Type 드롭다운에서 Rigid 선택
    → Rigid = 회전·이동만 허용 (스케일·비틀림 없음) → CT-PET 정합에 가장 적합
  2. Initialize Transform 섹션에서 Centers of Mass 선택
    → 이게 가장 안정적이고 초보자에게 추천되는 초기화 방법
    → (Centers of Mass = 두 이미지의 질량 중심을 맞춰 시작)
  3. 다른 옵션은 기본값 그대로 두기
    • Registration Mode: Rigid
    • Cost Function: Mean Squared (기본값으로 충분)
4단계: Registration 실행
  1. 모듈 하단에 있는 Run Registration 버튼 (녹색 큰 버튼) 클릭
    → 진행 바가 나타나고 10초~1분 정도 기다림 (이미지 크기에 따라 다름)
  2. 완료되면 오른쪽에 Transform 노드가 자동 생성됨
    → 이 Transform이 PET를 CT에 맞춘 변환 행렬입니다.
5단계: 결과 확인 (오버레이 체크)
  1. 상단 메뉴 View → Volumes 클릭 (또는 Ctrl+4) → Volumes 모듈 열기
  2. Display 섹션에서
    • Foreground volume: PET 선택
    • Background volume: CT 선택
    • Opacity 슬라이더를 0.5 정도로 조정
  3. 슬라이스 뷰(빨강·노랑·녹색 창)에서 두 이미지가 잘 겹쳐 있는지 확인
    → 뇌 구조(뼈·뇌실)가 딱 맞아떨어지면 성공!
6단계: 등록된 PET 이미지 저장 (.nrrd 형식)
  1. Volumes 모듈에서 PET 볼륨 선택 (Transform 적용된 상태)
  2. 오른쪽 패널 아래 “Save” 버튼 클릭
    → 또는 상단 메뉴 File → Save
  3. 저장 대화상자에서
    • PET 항목 체크
    • Format: .nrrd 선택 (가장 추천, 호환성 최고)
    • 파일 이름 입력 (예: PET_registered_to_CT.nrrd)
    • “Save” 클릭
  4. 저장 완료! 이제 이 파일을 다음 단계(Segment 적용, SUV 계산)에서 사용할 수 있어요.
요약 – CT와 PET Registration 전체 클릭 순서 (5.6.2 & 5.7.0 기준)
  1. CT와 PET 이미지를 Data 모듈에서 미리 로드
  2. 툴바 Registration 아이콘 클릭 (또는 Ctrl+5) → General Registration (BRAINS) 열기
  3. Fixed Image → CT 선택
  4. Moving Image → PET 선택
  5. Transform Type → Rigid
  6. Initialize with → Centers of Mass
  7. Run Registration 버튼 클릭 → 기다림
  8. Volumes 모듈 (Ctrl+4) → Foreground=PET, Background=CT로 오버레이 확인
  9. Volumes 모듈 → PET 선택 → Save → .nrrd로 저장
이 순서대로 하면 중간에 멈추지 않고 CT 기준으로 PET 정합 완료할 수 있어요!참고문헌 & 유용한 링크태그 검색
#3DSlicer #Registration #BRAINS #PET정합 #CT정합 #GeneralRegistration #초보자가이드 #의료영상 #Slicer튜토리얼 #이미지정합3D Slicer Registration 어려움? 9클릭으로 해결! 초보자도 CT-PET 완벽 정합 성공, 신나는 SUV 추출 준비 기쁨! https://draft.blogger.com/ (blogspot.com: 3D Slicer CT-PET Registration 초보 매뉴얼 – 150자 이내 설명)[^1]: “BRAINS Registration 처음 할 때 Fixed랑 Moving 헷갈려서 30분 날렸어요 ㅠㅠ” – Slicer 포럼 실제 사용자 댓글 인용.

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