📌 3D Slicer에서 Parcellation Module 설치하는 방법 Brain Parcellation과 Resection Cavity Segmentation 까지 완전 가이드

 아래에서 parcellation module를 설치하려고 하는데, 방법을 자세히 설명하시오. https://github.com/fepegar/SlicerParcellation?tab=readme-ov-file

아래는 3D Slicer용 Parcellation 모듈(SlicerParcellation) 을 설치하고 사용하기 위한 완전 절차서입니다.
원문은 GitHub 저장소 기반이며, 단계별 실전 적용 중심으로 설명합니다.

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📌 3D Slicer에서 Parcellation Module 설치하는 방법

Brain Parcellation과 Resection Cavity Segmentation 까지 완전 가이드

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📋 목차

1. 사전 준비: 필요한 소프트웨어

2. SlicerParcellation 모듈이란?

3. 설치 방법(일반 사용자)

   • 방법 A: Git Clone 사용

   • 방법 B: ZIP로 다운로드

4. Slicer에 모듈 인식시키기

5. 모듈 실행 확인

6. 기타 참고: 외부 Python 패키지 설치

7. 문제 해결(트러블슈팅)

8. 참고자료

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1. 🧰 사전 준비: 필요한 소프트웨어

3D Slicer 설치 (v5 계열 최신 버전 권장)

다운로드 페이지:
👉 https://download.slicer.org/

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2. ❓ SlicerParcellation 모듈이란?

Parcellation은 뇌를 여러 해부학적 영역으로 나누는 브레인 세분화(brain segmentation) 작업입니다.
이 저장소에는 두 개의 Slicer 모듈이 들어 있습니다.

• Brain Parcellation (160개 구조로 분리)

• Brain Resection Cavity Segmentation (수술 후 cavity 분리)

이 모듈은 PyTorch 기반 딥러닝 모델을 활용하므로 GPU가 있으면 처리 속도가 훨씬 빨라집니다.

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3. 📥 설치 방법 (일반 사용자용)

📍 방법 A — Git Clone 사용

1. 설치할 폴더를 정합니다
   예: C:\3DSlicerModules\SlicerParcellation

2. 터미널/커맨드라인을 열고 아래 명령 실행:

git clone https://github.com/fepegar/SlicerParcellation.git

-> 이로써 모듈 코드가 해당 폴더에 복제됩니다.

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📍 방법 B — ZIP 파일 다운로드

1. GitHub 저장소로 접속한다:
   https://github.com/fepegar/SlicerParcellation

2. “Code” 버튼 → “Download ZIP” 클릭

3. ZIP을 저장 후 압축 해제

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4. 🧩 Slicer에 모듈 인식시키기

Parcellation 모듈은 Slicer 확장(extension) 형식이 아니라 스크립트형 모듈이므로 자동 설치가 되지 않습니다.
그 대신 추가 모듈 경로를 Slicer에 알려줘야 합니다.

⚙️ 단계별

1. 3D Slicer를 실행

2. 메뉴에서:

Edit → Application Settings → Modules

3. “Additional module paths” 영역에 Parcellation 모듈 폴더 경로를 추가합니다.

예시:

C:\3DSlicerModules\SlicerParcellation

4. 입력 후 Slicer를 완전히 종료 → 재시작

📌 재시작을 반드시 해야 모듈이 로딩됩니다.

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5. ▶️ 모듈 실행 확인

Slicer가 다시 켜지면, 모듈 리스트에서 다음을 찾아 실행할 수 있습니다:

• Brain Parcellation

• Brain Resection Cavity Segmentation

보통 다음 위치에서 확인됩니다:

View → Modules → 검색창에 Parcellation 입력

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6. 🧠 Optional — 외부 Python 패키지 설치

Parcellation 모델 외부 실행 또는 보조 기능을 활용하려면 Python 패키지를 설치할 수 있습니다.

예시: highresnet 패키지

pip install highresnet

이렇게 하면 Slicer 외부에서도 파셜레이션 모델을 실행할 수 있습니다.

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7. 🛠️ 문제 해결 (Troubleshooting)

❗ 모듈이 나타나지 않는 경우

✔ 모듈 경로가 정확히 설정되었는지 확인
✔ Slicer 재시작을 안 했을 경우 재실행
✔ Slicer 버전이 너무 낮을 경우 최신 Stable 버전 설치
(v5.x 권장)

❗ GPU 모델 오류

PyTorch 기반이라 GPU가 없으면 기본적으로 CPU만 사용됩니다. GPU가 없다면 속도가 느리거나 일부 기능이 제한될 수 있습니다.

※ PyTorch 설치는 Slicer의 Python 환경에서 별도 진행 가능합니다.

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8. 📚 참고자료

• GitHub 저장소 (설치 지침 및 코드)
  https://github.com/fepegar/SlicerParcellation

• 3D Slicer 공식 설치 가이드
  https://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/getting_started.html

• 관련 커뮤니티 이슈
  https://discourse.slicer.org/t/slicerparcellation-scripted-module-works-via-absolute-path-but-fails-when-added-to-custom-slicer-build-via-cmake/43832