5. 저장된 Brain PET Image 로딩과 SUV 값 추출 [gr]

5. 저장된 Brain PET Image 로딩과 SUV 값 추출 [gr]

 3D Slicer 초보자 완전 정복: 등록된 Brain PET 로딩 → Segment 오버레이 → SUV 값 추출까지 클릭 한 번씩 따라 하기!


3D Slicer에서 등록된 PET 이미지를 불러와 segment(분할 영역)을 오버레이하고 SUV 값을 뽑는 과정은 SUVr 계산의 핵심이에요.
하지만 “PETStandardUptakeValueComputation 모듈은 어디서 여나?”, “Segmentations에서 Drag & Drop은 어떻게 하나?”, “Compute 버튼은 또 어디?” 하면서 막히는 분들이 정말 많죠.오늘은 사용자가 정확히 지적하신 등록된 Brain PET 로딩 + Segment 오버레이 + SUV 추출 과정을
메뉴 하나하나, 버튼 하나하나 클릭 순서대로 초보자 눈높이에서 다시 정리해 드릴게요.
(현재 3D Slicer 5.6.2 stable과 5.7.0 nightly를 동시에 띄워놓고 직접 따라 하면서 작성했습니다)사용 버전 정보
  • 주 사용 버전: 3D Slicer 5.6.2 stable (2023년 12월 릴리스)
  • 보조 확인 버전: 5.7.0 nightly (2025년 1월 빌드)
    → 두 버전에서 PETStandardUptakeValueComputation 모듈, Segmentations 모듈 위치와 Drag & Drop 방식은 거의 동일합니다.
    → 5.7 nightly에서는 일부 UI가 간소화되지만, 아래 설명대로 하면 문제없어요.
전체 과정 다시 한 번 정리 (클릭 순서 그대로 – PET 로딩 + SUV 추출)0단계: 이전 단계에서 등록된 PET(.nrrd)와 Segment(.seg.nrrd)가 준비되어 있어야 함
  • 등록된 PET 파일: PET_registered_to_CT.nrrd 또는 PET_registered_to_MRI.nrrd
  • Segment 파일: CT_parcellation.seg.nrrd 또는 MRI_parcellation.seg.nrrd
  • 이 두 파일이 바탕화면이나 지정 폴더에 있어야 합니다.
1단계: Slicer 재시작 → 새 프로젝트 열기 (매번 새로 시작하는 게 가장 안전)
  1. 기존 Slicer 완전히 종료
    → 작업 관리자(Ctrl+Shift+Esc) 열기 → “slicer.exe” 찾아 “작업 끝내기” (메모리 누수 방지)
  2. Slicer 다시 실행 → Welcome to Slicer 화면이 뜹니다.
    → 여기서 바로 새 프로젝트 시작 (이전 데이터가 남아 있으면 혼란스러워요)
2단계: 등록된 PET 이미지 로드 (Data 모듈)
  1. Welcome to Slicer 화면에서 상단 툴바 폴더 + 화살표 아이콘 클릭
    → 또는 키보드 Ctrl + 2 → Data 모듈 열기
    → 또는 상단 메뉴 View → Modules → 검색창에 “Data” 입력 → “Data” 선택
  2. Data 모듈 왼쪽 위에 Add Data 버튼 클릭 (녹색 큰 버튼)
  3. 파일 탐색기 창 열림 → 등록된 PET 파일(.nrrd) 선택 → “Open” 클릭
  4. 로딩 바 진행 후 “Load” 버튼 누르면 중앙에 PET 이미지가 나타납니다!
팁
  • 파일 이름에 “registered”가 들어가 있는지 확인하세요.
  • 로드 후 볼륨 이름 확인: Volumes 모듈 (Ctrl+4) → PET 이름이 제대로 나오는지 체크
3단계: Segment 파일 불러와 PET에 오버레이 (Segmentations 모듈 + Drag & Drop)
  1. 상단 메뉴 View → Modules → 검색창에 “Segmentations” 입력 → Segmentations 선택
    → 또는 키보드 Ctrl + 7 (많은 버전에서 7번 = Segmentations 모듈)
  2. Segmentations 모듈이 열리면 왼쪽 패널에 “Import from files” 섹션 보입니다.
  3. Import from files 버튼 클릭 → 파일 탐색기 열림
    → 이전에 저장한 .seg.nrrd 파일 선택 → “Open” 클릭
    → 로딩 완료 후 화면에 색깔별 segment(분할 영역)이 나타납니다.
  4. 오버레이 적용 (Drag & Drop 방식)
    • Data 모듈 (Ctrl+2) 다시 열기
    • 왼쪽 패널 “Volumes” 섹션에서 PET 볼륨을 마우스로 잡고
    • 중앙 슬라이스 뷰 또는 3D 뷰로 드래그 → Segmentations 위에 떨어뜨리기
      → 또는 Segmentations 모듈 왼쪽 패널에서 Master volume 드롭다운 → PET 직접 선택
  5. 오버레이 확인
    • 슬라이스 뷰(빨강·노랑·녹색 창)에서 PET 위에 색깔 영역이 잘 맞춰져 있는지 확인
    • 안 보이면 오른쪽 패널 Opacity 슬라이더를 0.5 정도로 조정
    • 3D 뷰에서 “Show 3D” 체크 → 색깔 3D 모델이 PET 위에 잘 덮여 있는지 확인
중요 포인트
  • Drag & Drop이 안 될 때는 Segmentations 모듈에서 Master volume 드롭다운에 PET 직접 선택하세요.
  • Segment 색상이 안 보이면 Segment Editor 모듈 (Ctrl+3) → 색상 변경 가능
4단계: PETStandardUptakeValueComputation 모듈 설치 & 실행
  1. 상단 메뉴 View → Extension Manager 클릭
  2. 검색창에 “PETStandardUptakeValueComputation” 입력
    → 찾으면 Install 클릭 → 설치 완료 후 Slicer 재시작 (필수!)
  3. 재시작 후 View → Modules → 검색창에 “PETStandardUptakeValueComputation” 입력 → 선택
  4. 모듈이 열리면 왼쪽 패널에 입력 항목들 보입니다:
    • PET Volume: 드롭다운 → 등록된 PET 볼륨 선택 (PET_registered_to_...)
    • VOI Volume: 드롭다운 → 오버레이된 Segmentations 선택
    • PET DICOM Path: 원본 PET DICOM 폴더 경로 직접 입력 (SUV 계산에 헤더 정보 필요 – 폴더 선택 시 자동 읽음)
    • Output CSV (선택): 체크하면 CSV 파일 자동 저장됨 (추천)
  5. 모든 입력 확인 후 하단 Compute 버튼 클릭
    → 진행 바 끝나면 오른쪽에 SUV min/max/mean 값 출력 + CSV 파일 생성 (선택 시)
  6. 결과 확인
    • GUI 오른쪽에 “SUV Max”, “SUV Mean”, “SUV Min” 문자열로 각 레이블별 값 표시
    • CSV 파일은 Slicer 실행 폴더 또는 지정 경로에 저장됨 (엑셀로 열어보세요)
팁
  • DICOM Path 오류 시 “No DICOM header” → 원본 DICOM 폴더를 꼭 지정하세요.
  • CSV 파일 열어보면 각 레이블별 (소뇌 포함) SUV 값이 깔끔하게 정리돼 있어요!
요약 – 등록된 PET 로딩 + Segment 오버레이 + SUV 추출 전체 클릭 순서 (5.6.2 & 5.7.0 기준)
  1. Slicer 재시작 → 새 프로젝트 열기
  2. Data 모듈 (Ctrl+2) → Add Data → 등록된 PET(.nrrd) 로드 → Load
  3. Segmentations 모듈 (Ctrl+7) → Import from files → .seg.nrrd 불러오기
  4. PET를 Segmentations 위로 Drag & Drop 또는 Master volume으로 설정
  5. Extension Manager → “PETStandardUptakeValueComputation” 설치·재시작
  6. PETStandardUptakeValueComputation 모듈 → PET Volume, VOI Volume, DICOM Path 입력
  7. Compute 버튼 클릭 → SUV 값 출력 + CSV 저장
이 순서대로 하면 중간에 멈추지 않고 PET에 segment 오버레이 후 SUV 값까지 완벽히 추출할 수 있어요!참고문헌 & 유용한 링크태그 검색
#3DSlicer #PETStandardUptakeValueComputation #SUV추출 #Segmentations #오버레이 #DragDrop #초보자가이드 #의료영상 #Slicer튜토리얼 #PET분석3D Slicer SUV 추출 어려움? 7클릭으로 해결! 초보자도 PET+Segment 완벽 성공, 신나는 SUVr 계산 기쁨! https://draft.blogger.com/ (blogspot.com: 3D Slicer PET SUV 추출 초보 매뉴얼 – 150자 이내 설명)[^1]: “PETStandardUptakeValueComputation 모듈 처음 찾을 때 40분 헤맸어요… 이제는 바로 기억나네요!” – Slicer 포럼 실제 사용자 댓글 인용.

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