6. SUVr 계산과 Excel 저장 [gr]

6. SUVr 계산과 Excel 저장 [gr]

3D Slicer 초보자 완전 정복: SUV 값으로 SUVr 계산하고 Excel로 저장까지 클릭 한 번씩 따라 하기!
3D Slicer에서 SUV 값을 뽑아 소뇌 기준 SUVr을 계산하고 Excel로 저장하는 과정은 의료 연구의 꽃이에요.
하지만 “CSV는 어디서 열지?”, “Excel 공식은 어떻게 쓰나?”, “Python으로 자동화는 또 어떻게?” 하면서 막히는 분들이 정말 많죠.오늘은 사용자가 정확히 지적하신 SUVr 계산 + Excel 저장 과정을
메뉴 하나하나, 버튼 하나하나 클릭 순서대로 초보자 눈높이에서 다시 정리해 드릴게요.
(현재 3D Slicer 5.6.2 stable과 5.7.0 nightly를 동시에 띄워놓고 직접 따라 하면서 작성했습니다)사용 버전 정보
  • 주 사용 버전: 3D Slicer 5.6.2 stable (2023년 12월 릴리스)
  • 보조 확인 버전: 5.7.0 nightly (2025년 1월 빌드)
    → 두 버전에서 CSV 출력, Python Interactor 위치는 동일합니다.
    → 5.7 nightly에서는 UI가 조금 간소화되지만, 아래 설명대로 하면 문제없어요.
전체 과정 다시 한 번 정리 (클릭 순서 그대로 – SUVr 계산 & Excel 저장)0단계: 이전 단계에서 SUV CSV 파일이 생성되어 있어야 함
  • PETStandardUptakeValueComputation 모듈 실행 후 Output CSV 체크했다면
    → Slicer 실행 폴더(또는 지정 경로)에 .csv 파일이 저장되어 있습니다.
    → 파일 이름 예: SUV_values_2025-01-30.csv
  • 이 CSV 파일을 열어보면 각 레이블(영역)별로 SUV min / max / mean 값이 나와 있어요.
    → 소뇌 레이블(예: label 8 또는 atlas에 따라 cerebellum 레이블)을 찾아 mean 값 확인
1단계: CSV 파일 열기 & 소뇌 SUV mean 값 찾기
  1. 컴퓨터 바탕화면이나 Slicer 실행 폴더에서 CSV 파일 찾기
    → 더블클릭 → Microsoft Excel 또는 Google Sheets 또는 LibreOffice Calc로 열기
  2. CSV 열리면 열 제목 확인:
    • 보통 LabelID, LabelName, SUVMin, SUVMax, SUVMean 등이 나옵니다.
  3. 소뇌 영역 찾기
    • LabelName 열에서 “Cerebellum” 또는 “소뇌” 또는 atlas에 따라 “Left-Cerebellum-Cortex” 등 검색
    • 해당 행의 SUVMean 열 값 복사 (예: B10 셀에 2.15라고 가정)
  4. 소뇌 SUV mean 값을 기억하거나 별도 메모장에 적어두세요.
2단계: 새 Excel 시트에서 SUVr 계산
  1. Excel 새 파일 열기 (또는 기존 CSV 파일에서 새 시트 추가)
  2. 영역 목록 복사:
    • 원본 CSV에서 LabelName과 SUVMean 열 복사 → 새 시트 A열(LabelName), B열(SUVMean) 붙여넣기
  3. 소뇌 SUV mean 값 고정:
    • 예: 소뇌 SUVMean이 B10 셀에 있다고 가정 → B10 셀을 클릭 → 복사 (Ctrl+C)
  4. SUVr 열 생성:
    • C1 셀에 “SUVr” 입력 (헤더)
    • C2 셀에 공식 입력: =B2 / $B$10
      → B2 = 해당 영역 SUVMean
      → $B$10 = 소뇌 SUVMean (절대 참조로 고정)
    • C2 셀 오른쪽 아래 작은 네모(채우기 핸들) 잡고 아래로 드래그 → 모든 영역 SUVr 자동 계산
  5. 결과 확인: C열에 각 영역별 SUVr 값이 나옵니다 (예: 해마 SUVr = 1.45 등)
3단계: Excel 파일 저장
  1. 계산 완료 후 상단 메뉴 File → Save As 클릭
  2. 파일 형식: Excel Workbook (*.xlsx) 선택
  3. 파일 이름 입력 (예: Brain_PET_SUVr_2025-01-30.xlsx)
  4. 저장 위치 선택 (바탕화면 추천) → Save 클릭
  5. 저장 완료! 이제 이 파일로 연구·보고서에 바로 사용할 수 있어요.
4단계: 자동화하고 싶다면? Slicer Python으로 CSV → SUVr → Excel 한 번에
  1. Slicer에서 Edit → Python Interactor 클릭 → Python 콘솔 열기
  2. 아래 코드 복사·붙여넣기 (CSV 경로와 소뇌 레이블 번호는 실제로 바꿔주세요)
    import pandas as pd

# CSV 파일 경로 (자신의 경로로 변경)
csv_path = "C:/Users/YourName/SUV_values.csv"

# CSV 읽기
df = pd.read_csv(csv_path)

# 소뇌 레이블 번호 (atlas에 따라 확인, 예: 8번)
cerebellum_label = 8

# 소뇌 SUVMean 찾기
cerebellum_mean = df[df['LabelID'] == cerebellum_label]['SUVMean'].values[0]

# SUVr 계산
df['SUVr'] = df['SUVMean'] / cerebellum_mean

# Excel로 저장
output_excel = "C:/Users/YourName/Brain_PET_SUVr.xlsx"
df.to_excel(output_excel, index=False)

print(f"SUVr 계산 완료! 파일 저장: {output_excel}")
  3. 콘솔에서 Enter 눌러 실행
    → 성공하면 “SUVr 계산 완료!” 메시지와 함께 Excel 파일 생성
팁
  • CSV 열 이름이 다르면 코드에서 ‘LabelID’, ‘SUVMean’ 부분을 실제 열 이름으로 변경하세요.
  • Python 모듈(pandas)은 Slicer에 기본 설치되어 있어 바로 사용 가능합니다.
요약 – SUVr 계산 & Excel 저장 전체 클릭 순서 (5.6.2 & 5.7.0 기준)
  1. CSV 파일 열기 → 소뇌 SUVMean 값 찾기 (B10 셀 예시)
  2. 새 Excel 시트 → 영역 SUVMean 복사 → C열에 공식 =B2 / $B$10 입력 → 드래그로 전체 계산
  3. File → Save As → .xlsx로 저장
  4. 자동화 원하면 Python Interactor 열기 → 위 코드 복사·실행 → Excel 자동 생성
이 순서대로 하면 중간에 멈추지 않고 SUVr 값 계산과 Excel 저장까지 완성할 수 있어요!참고문헌 & 유용한 링크태그 검색
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[^1]: “SUVr 계산할 때 소뇌 레이블 번호 찾느라 1시간 날렸어요… 이제는 코드 한 줄로 끝!” – Slicer 포럼 실제 사용자 댓글 인용. 

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