๐Ÿ”ฌ “๋‡Œ ์—ฐ๊ฒฐ์ง€๋„ ํ˜๋ช…!” ๊ธฐ์กด ์ปค๋„ฅํ†ฐ(Connectome)์˜ ํ•œ๊ณ„๋ฅผ ๋›ฐ์–ด๋„˜๋Š” Track-to-Region ๋ถ„์„ ์‹ค์ „ ์ ˆ์ฐจ์„œ

 

๐Ÿ”ฌ “๋‡Œ ์—ฐ๊ฒฐ์ง€๋„ ํ˜๋ช…!”

๊ธฐ์กด ์ปค๋„ฅํ†ฐ(Connectome)์˜ ํ•œ๊ณ„๋ฅผ ๋›ฐ์–ด๋„˜๋Š” Track-to-Region ๋ถ„์„ ์‹ค์ „ ์ ˆ์ฐจ์„œ


๐Ÿ“Œ 150์ž ๊ฒ€์ƒ‰์„ค๋ช… (Blogger / Blogspot์šฉ)
๊ธฐ์กด ์ปค๋„ฅํ†ฐ์˜ ์น˜๋ช…์  ์˜ค๋ฅ˜? 2% ์ฐจ์ด๊ฐ€ ์—ฐ๊ตฌ๋ฅผ ๋ฐ”๊พผ๋‹ค! ์ •ํ™•๋„ ๋†’์ด๋Š” ์ƒˆ๋กœ์šด ๋ถ„์„๋ฒ•๊ณผ DSS Studio ์‹ค์ „ ์ ˆ์ฐจ ๊ณต๊ฐœ!


๐Ÿ“š ๋ชฉ์ฐจ

  1. ์™œ ๊ธฐ์กด ์ปค๋„ฅํ†ฐ ๋ถ„์„์€ ๋ฌธ์ œ๊ฐ€ ๋˜๋Š”๊ฐ€?

  2. Region-to-Region vs Track-to-Region ์ฐจ์ด ์™„์ „ ์ดํ•ด

  3. ์ •ํ™•๋„ ๋ฌธ์ œ์˜ ํ•ต์‹ฌ: Crossing & Kissing ์ด์Šˆ

  4. ์ƒˆ๋กœ์šด ํ•ด๋ฒ•: Track-to-Region ์ ‘๊ทผ๋ฒ•์˜ ์›๋ฆฌ

  5. DSS Studio ์‹ค์ „ ๋ถ„์„ ์ ˆ์ฐจ (๋‹จ๊ณ„๋ณ„ ๊ฐ€์ด๋“œ)

  6. ๊ฒฐ๊ณผ ํ•ด์„ ๋ฐฉ๋ฒ• (0~1 ์ˆ˜์น˜์˜ ์˜๋ฏธ)

  7. ์ปค๋งจ๋“œ๋ผ์ธ ๋ถ„์„ ๋ฐฉ๋ฒ•

  8. ์—ฐ๊ตฌ ๋ฐ ๊ฐ•์˜ ํ™œ์šฉ ์ „๋žต

  9. ๊ทธ๋ฆผ ์„ค๋ช…

  10. ์ฐธ๊ณ  ์‚ฌ์ดํŠธ

  11. ์ฐธ๊ณ ๋ฌธํ—Œ

  12. ์ตœ์ข… ์š”์•ฝ

  13. ํƒœ๊ทธ๊ฒ€์ƒ‰


1️⃣ ์™œ ๊ธฐ์กด ์ปค๋„ฅํ†ฐ ๋ถ„์„์€ ๋ฌธ์ œ๊ฐ€ ๋˜๋Š”๊ฐ€?

๋‡Œ ์—ฐ๊ฒฐ๋ง ๋ถ„์„์—์„œ ๊ฐ€์žฅ ๋„๋ฆฌ ์‚ฌ์šฉ๋œ ๋ฐฉ๋ฒ•์€ Region-to-Region Connectome์ž…๋‹ˆ๋‹ค.

์ด ๋ฐฉ์‹์€:

  • ์„ธ๋กœ์ถ• = ๋‡Œ ์˜์—ญ(Region)

  • ๊ฐ€๋กœ์ถ• = ๋‡Œ ์˜์—ญ(Region)

  • ๊ฐ ์นธ = ๋‘ ์˜์—ญ ์‚ฌ์ด ์—ฐ๊ฒฐ ๊ฐ•๋„

์ฆ‰, ์ •์‚ฌ๊ฐํ˜• ํ–‰๋ ฌ(Matrix) ๊ตฌ์กฐ์ž…๋‹ˆ๋‹ค.

๊ทธ๋Ÿฌ๋‚˜ ์—ฌ๊ธฐ์—” ์น˜๋ช…์ ์ธ ๋ฌธ์ œ๊ฐ€ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.

“์šฐ๋ฆฌ๋Š” ๋‘ ์˜์—ญ์ด ์—ฐ๊ฒฐ๋๋Š”์ง€๋Š” ์•Œ์ง€๋งŒ, ์–ด๋–ป๊ฒŒ ์—ฐ๊ฒฐ๋๋Š”์ง€๋Š” ๋ชจ๋ฅธ๋‹ค.”¹


2️⃣ Region-to-Region vs Track-to-Region ์™„์ „ ๋น„๊ต

✔ Region-to-Region Connectome

  • ์˜์—ญ ๊ฐ„ ์—ฐ๊ฒฐ ๊ฐ•๋„ ๊ณ„์‚ฐ

  • ๊ธฐ๋Šฅ์  MRI(fMRI)๋‚˜ ํ™•์‚ฐ MRI(Diffusion MRI)์—์„œ ์‚ฌ์šฉ

  • ๊ฒฐ๊ณผ๋Š” N x N ์ •์‚ฌ๊ฐ ํ–‰๋ ฌ

๋ฌธ์ œ์ 

  • ์‹ค์ œ ๋ฐฑ์งˆ ๊ฒฝ๋กœ(White Matter Tract) ๊ตฌ์กฐ๋ฅผ ๋ฐ˜์˜ํ•˜์ง€ ๋ชปํ•จ

  • ๊ฒฝ๋กœ๊ฐ€ ํ•ฉ์ณ์ง€๋Š” ๊ตฌ๊ฐ„์—์„œ ์ •ํ™•ํ•œ ๋น„์œจ ๊ณ„์‚ฐ ๋ถˆ๊ฐ€๋Šฅ


✔ Track-to-Region Connectome

  • ์„ธ๋กœ์ถ• = ๋‡Œ ์˜์—ญ(Region)

  • ๊ฐ€๋กœ์ถ• = ํŠธ๋ž™(Track, ์‹ ๊ฒฝ์„ฌ์œ  ๋‹ค๋ฐœ)

์ฆ‰, “ํŠธ๋ž™ ํ•˜๋‚˜๊ฐ€ ์–ด๋–ค ์˜์—ญ๋“ค์„ ํ†ต๊ณผํ•˜๋Š”๊ฐ€?”๋ฅผ ์ธก์ •ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

์™„์ „ํžˆ ๋‹ค๋ฅธ ๊ด€์ ์ž…๋‹ˆ๋‹ค.


3️⃣ ์ •ํ™•๋„ ๋ฌธ์ œ์˜ ํ•ต์‹ฌ: Crossing & Kissing

๐Ÿ”ด Crossing (๊ต์ฐจ ๋ฌธ์ œ)

๋‘ ์‹ ๊ฒฝ์„ฌ์œ ๊ฐ€ ๊ต์ฐจํ•  ๋•Œ
์–ด๋А ์„ฌ์œ ๊ฐ€ ์–ด๋А ์˜์—ญ์œผ๋กœ ๊ฐ€๋Š”์ง€ ๊ตฌ๋ถ„ ๋ถˆ๊ฐ€

๐Ÿ”ด Kissing (์ ‘์ด‰ ๋ฌธ์ œ)

์„ฌ์œ ๊ฐ€ ์ž ์‹œ ๋ถ™์—ˆ๋‹ค๊ฐ€ ๊ฐˆ๋ผ์ง€๋Š” ๊ฒฝ์šฐ
์ •ํ™•ํ•œ ์—ฐ๊ฒฐ ๋ฐฉํ–ฅ ๊ณ„์‚ฐ ๋ถˆ๊ฐ€

์ด ๋ฌธ์ œ๋Š” 2017๋…„ ASMR Tractography Competition ์—ฐ๊ตฌ์—์„œ๋„ ์ง€์ ๋˜์—ˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.

๊ฒฐ๋ก :

๊ธฐ์กด ๋ฐฉ์‹์œผ๋กœ๋Š” “์ •ํ™•ํ•œ ์—ฐ๊ฒฐ ๋น„์œจ” ๊ณ„์‚ฐ์ด ์‚ฌ์‹ค์ƒ ๋ถˆ๊ฐ€๋Šฅ


4️⃣ ์ƒˆ๋กœ์šด ํ•ด๋ฒ•: Track-to-Region ์ ‘๊ทผ ์›๋ฆฌ

ํ•ต์‹ฌ ๊ฐœ๋…:

✔ ํŠธ๋ž™์„ ํ•˜๋‚˜์˜ “์™„์„ฑ๋œ ๊ฒฝ๋กœ ๋‹จ์œ„”๋กœ ๋ณธ๋‹ค
✔ ์˜์—ญ ๊ฐ„ ๋น„์œจ์„ ๊ณ„์‚ฐํ•˜์ง€ ์•Š๋Š”๋‹ค
✔ “์ด ํŠธ๋ž™์ด ์–ด๋–ค ์˜์—ญ์„ ์–ผ๋งˆ๋‚˜ ํ†ต๊ณผํ•˜๋Š”๊ฐ€?”๋งŒ ๊ณ„์‚ฐ

์ฆ‰,

๊ธฐ์กด ์งˆ๋ฌธ:

“A ์˜์—ญ์—์„œ B ์˜์—ญ์œผ๋กœ ๋ช‡ % ์—ฐ๊ฒฐ๋˜๋Š”๊ฐ€?”

์ƒˆ๋กœ์šด ์งˆ๋ฌธ:

“์ด ํŠธ๋ž™์ด B ์˜์—ญ์„ ์–ผ๋งˆ๋‚˜ ์ ์œ ํ•˜๋Š”๊ฐ€?”

์ด๊ฒƒ์ด ๊ด€์  ์ „ํ™˜(Paradigm Shift) ์ž…๋‹ˆ๋‹ค.


5️⃣ DSS Studio ์‹ค์ „ ์ ˆ์ฐจ ๊ฐ€์ด๋“œ

์‚ฌ์šฉ ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ:
DSI Studio

๊ณต์‹ ์‚ฌ์ดํŠธ:
https://dsi-studio.labsolver.org


๐Ÿ”ท STEP 1. ํ…œํ”Œ๋ฆฟ ๋ถˆ๋Ÿฌ์˜ค๊ธฐ

  • ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ ์‹คํ–‰

  • Human adult atlas ์„ ํƒ

  • 3D ์ธํ„ฐํŽ˜์ด์Šค ํ™•์ธ


๐Ÿ”ท STEP 2. ํŠธ๋ž™ ์ƒ์„ฑ (Automatic Fiber Tracking)

์ถ”์ฒœ ๋ถ„์„ ๋Œ€์ƒ:

  • Arcuate Fasciculus

  • Cingulum

  • Inferior Fronto-Occipital Fasciculus

์ด๋“ค์€ Association Pathway(์—ฐํ•ฉ ๊ฒฝ๋กœ) ๋กœ
๊ฐœ์ธ์ฐจ๊ฐ€ ํฌ๊ณ  ์ธ์ง€ ๊ธฐ๋Šฅ๊ณผ ์—ฐ๊ด€์„ฑ์ด ๋†’์Œ.

━━━━━━━━━━━━━━━━━━
๐Ÿ“ฆ ์‹คํ–‰ ์ฒดํฌ๋ฐ•์Šค
☑ Automatic Fiber Tracking ์‹คํ–‰
☑ ์ขŒ/์šฐ ์ฃผ์š” ํŠธ๋ž™ ์ƒ์„ฑ
☑ ๋ถ„์„ ๋Œ€์ƒ ํŠธ๋ž™ ๋ชฉ๋ก ํ™•๋ณด
━━━━━━━━━━━━━━━━━━


๐Ÿ”ท STEP 3. ๋‡Œ ์˜์—ญ Atlas ์„ค์ •

์ถ”์ฒœ Atlas:

  • HCP MMP Atlas

  • Brodmann Area Atlas

━━━━━━━━━━━━━━━━━━
๐Ÿ“ฆ ์‹คํ–‰ ์ฒดํฌ๋ฐ•์Šค
☑ Region → Atlas ์„ ํƒ
☑ ๋ชจ๋“  ์˜์—ญ ํ™œ์„ฑํ™”
━━━━━━━━━━━━━━━━━━


๐Ÿ”ท STEP 4. Track-to-Region ์‹œ๊ฐํ™”

์˜ต์…˜ ๊ฒฝ๋กœ:

Region Rendering → Region Color → Matrix → Current Track ์„ ํƒ

์ปฌ๋Ÿฌ๋งต์„ ํ†ตํ•ด
“์–ด๋–ค ์˜์—ญ์ด ์–ผ๋งˆ๋‚˜ ์—ฐ๊ฒฐ๋๋Š”์ง€” ์‹œ๊ฐํ™” ๊ฐ€๋Šฅ


๐Ÿ”ท STEP 5. ์ˆ˜์น˜ ์ถ”์ถœ

๋ฉ”๋‰ด:

Region → Track-to-Region Connectome

๊ฒฐ๊ณผ:

  • ํ–‰(Row) = ํŠธ๋ž™

  • ์—ด(Column) = ์˜์—ญ

  • ๊ฐ’ ๋ฒ”์œ„ = 0 ~ 1


6️⃣ ๊ฒฐ๊ณผ ํ•ด์„ ๋ฐฉ๋ฒ•

์˜ˆ:

0.02 = ํ•ด๋‹น ์˜์—ญ์˜ 2% ๋ถ€ํ”ผ๊ฐ€
ํ•ด๋‹น ํŠธ๋ž™์— ์˜ํ•ด ํ†ต๊ณผ๋จ

์ด ๊ฐ’์€:

Volume Ratio (๋ถ€ํ”ผ ๋น„์œจ)
= ํŠธ๋ž™์ด ํ•ด๋‹น ์˜์—ญ์„ ์ ์œ ํ•˜๋Š” ๋น„์œจ

์ค‘์š”:

✔ ๋†’์„์ˆ˜๋ก ๊ธฐ๋Šฅ์  ์—ฐ๊ด€์„ฑ ๊ฐ€๋Šฅ์„ฑ ์ฆ๊ฐ€
✔ 0์— ๊ฐ€๊นŒ์šฐ๋ฉด ์—ฐ๊ฒฐ ๊ฑฐ์˜ ์—†์Œ


7️⃣ ์ปค๋งจ๋“œ๋ผ์ธ ๋ถ„์„ ๋ฐฉ๋ฒ•

DSI Studio ์›น ๋ฌธ์„œ ์ฐธ๊ณ :

https://dsi-studio.labsolver.org/doc/region_and_tract_analysis.html


https://dsi-studio.labsolver.org/doc/region_and_tract_analysis.html


์‚ฌ์šฉ ์˜ˆ์‹œ:

  • subject.fib.gz ์ง€์ •

  • ์ž๋™ ํŠธ๋ž™ ๋ชฉ๋ก ์ง€์ •

  • Atlas ์ด๋ฆ„ ์ง€์ •

  • ์—ฌ๋Ÿฌ Atlas๋Š” ์‰ผํ‘œ๋กœ ๊ตฌ๋ถ„

━━━━━━━━━━━━━━━━━━
๐Ÿ“ฆ ์—ฐ๊ตฌ ์ž๋™ํ™” ํŒ
☑ ์—ฌ๋Ÿฌ ํ”ผํ—˜์ž ์ผ๊ด„ ๋ถ„์„
☑ Excel๋กœ ๊ฒฐ๊ณผ ๋ณต์‚ฌ
☑ Python ํ†ต๊ณ„ ์ฒ˜๋ฆฌ ์—ฐ๊ฒฐ
━━━━━━━━━━━━━━━━━━


8️⃣ ๊ฐ•์˜ ํ™œ์šฉ ์ „๋žต

๊ฐ•์˜์—์„œ ์ด๋ ‡๊ฒŒ ์„ค๋ช…ํ•˜๋ฉด ์ข‹์Šต๋‹ˆ๋‹ค:

  1. ๊ธฐ์กด ๋ฐฉ์‹์˜ ํ•œ๊ณ„ ๋จผ์ € ์ œ์‹œ

  2. Crossing/Kissing ๊ทธ๋ฆผ์œผ๋กœ ์„ค๋ช…

  3. ์ƒˆ ๋ฐฉ์‹์˜ ์ฒ ํ•™ ๊ฐ•์กฐ

  4. ์‹ค์ œ DSI Studio ํ™”๋ฉด ์‹œ์—ฐ

  5. 0.02 vs 0.20 ๋น„๊ต ์‚ฌ๋ก€ ์ œ์‹œ

“๋ฌธ์ œ๋ฅผ ํ•ด๊ฒฐํ•˜๋Š” ๋ฐฉ๋ฒ•์€ ๋ฌธ์ œ๋ฅผ ๋‹ค๋ฅธ ๊ฐ๋„์—์„œ ๋ณด๋Š” ๊ฒƒ์ด๋‹ค.”²


9️⃣ ์ดํ•ด๋ฅผ ๋•๋Š” ๊ทธ๋ฆผ

[๊ทธ๋ฆผ 1] ๊ธฐ์กด Region-to-Region ํ–‰๋ ฌ ๊ตฌ์กฐ
[๊ทธ๋ฆผ 2] Crossing & Kissing ๊ตฌ์กฐ๋„
[๊ทธ๋ฆผ 3] Track-to-Region ํ–‰๋ ฌ ์˜ˆ์‹œ

※ ์ง์ ‘ ์ƒ์„ฑ ๊ฐ€๋Šฅ ์‹œ ์‚ฝ์ž… ๊ถŒ์žฅ


๐Ÿ”— ์ฐธ๊ณ  ์‚ฌ์ดํŠธ


๐Ÿ“– ์ฐธ๊ณ ๋ฌธํ—Œ

  1. Maier-Hein et al., 2017, Tractography Challenge Study

  2. Human Connectome Project Atlas Papers

  3. Diffusion MRI Methodology Review Articles

※ ์ผ๋ถ€ ์„ค๋ช…์€ ์ดํ•ด๋ฅผ ๋•๊ธฐ ์œ„ํ•ด ๋ณด๊ฐ• ๋ฐ ์žฌ๊ตฌ์„ฑํ•จ (์ถ”๊ฐ€ ์„ค๋ช… ํฌํ•จ)


๐Ÿง  ์ตœ์ข… ์š”์•ฝ

✔ ๊ธฐ์กด Region-to-Region ๋ฐฉ์‹์€ ๊ตฌ์กฐ์  ํ•œ๊ณ„ ์กด์žฌ
✔ Crossing/Kissing ๋ฌธ์ œ๋กœ ์ •ํ™•๋„ ์ €ํ•˜
✔ Track-to-Region์€ ๊ด€์  ์ „ํ™˜ ์ ‘๊ทผ๋ฒ•
✔ ํŠธ๋ž™ ๋‹จ์œ„๋กœ ์˜์—ญ ์ ์œ ์œจ ๊ณ„์‚ฐ
✔ DSS Studio์—์„œ ์‰ฝ๊ฒŒ ๊ตฌํ˜„ ๊ฐ€๋Šฅ

๊ฒฐ๋ก :

์ •ํ™•๋„๋ฅผ ๋†’์ด๊ณ  ์‹ถ๋‹ค๋ฉด
์—ฐ๊ฒฐ์„ “๋น„์œจ”๋กœ ๊ณ„์‚ฐํ•˜์ง€ ๋ง๊ณ 
“๊ฒฝ๋กœ ๋‹จ์œ„”๋กœ ๋ณด์‹ญ์‹œ์˜ค.

์ด๊ฒƒ์ด ์ฐจ์„ธ๋Œ€ ์ปค๋„ฅํ†ฐ ๋ถ„์„์˜ ๋ฐฉํ–ฅ์ž…๋‹ˆ๋‹ค.


๐Ÿ”Ž ํƒœ๊ทธ๊ฒ€์ƒ‰

#์ปค๋„ฅํ†ฐ #Connectome #DSIStudio #TrackToRegion #DiffusionMRI #๋ฐฑ์งˆ๋ถ„์„ #๋‡Œ์—ฐ๊ฒฐ๋ง #์‹ ๊ฒฝ๊ณผํ•™๊ฐ•์˜ #์—ฐ๊ตฌ๋ฐฉ๋ฒ•๋ก  #Neuroimaging

๋Œ“๊ธ€

์ด ๋ธ”๋กœ๊ทธ์˜ ์ธ๊ธฐ ๊ฒŒ์‹œ๋ฌผ

ํžˆ๋ธŒ๋ฆฌ์ธ, ์ด์Šค๋ผ์—˜์ธ, ์œ ๋Œ€์ธ ์„ฑ๊ฒฝ ์† ์ด๋ฆ„์— ์ˆจ๊ฒจ์ง„ ์†Œ๋ฆ„ ๋‹๋Š” ๋น„๋ฐ€

์ž‘์€ ํ‹ˆ์ด ๋ฌด๋„ˆ๋œจ๋ฆฐ๋‹ค ์™œ ์šฐ๋ฆฌ๋Š” ‘์‚ฌ์†Œํ•œ ๋ถ„์—ด’์„ ๊ทน๋„๋กœ ๊ฒฝ๊ณ„ํ•ด์•ผ ํ•˜๋Š”๊ฐ€

์ž‘์€ ํ‹ˆ์ด ๋ฌด๋„ˆ๋œจ๋ฆฐ๋‹ค ์™œ ์„ฑ๊ฒฝ์€ ‘๋ถ„์—ด์˜ ์‹œ์ž‘’์„ ๊ทธ๋ ‡๊ฒŒ ๊ฒฝ๊ณ ํ•˜๋Š”๊ฐ€