๐ฌ “๋ ์ฐ๊ฒฐ์ง๋ ํ๋ช !” ๊ธฐ์กด ์ปค๋ฅํฐ(Connectome)์ ํ๊ณ๋ฅผ ๋ฐ์ด๋๋ Track-to-Region ๋ถ์ ์ค์ ์ ์ฐจ์
๐ฌ “๋ ์ฐ๊ฒฐ์ง๋ ํ๋ช !”
๊ธฐ์กด ์ปค๋ฅํฐ(Connectome)์ ํ๊ณ๋ฅผ ๋ฐ์ด๋๋ Track-to-Region ๋ถ์ ์ค์ ์ ์ฐจ์
๐ 150์ ๊ฒ์์ค๋ช
(Blogger / Blogspot์ฉ)
๊ธฐ์กด ์ปค๋ฅํฐ์ ์น๋ช
์ ์ค๋ฅ? 2% ์ฐจ์ด๊ฐ ์ฐ๊ตฌ๋ฅผ ๋ฐ๊พผ๋ค! ์ ํ๋ ๋์ด๋ ์๋ก์ด ๋ถ์๋ฒ๊ณผ DSS Studio ์ค์ ์ ์ฐจ ๊ณต๊ฐ!
๐ ๋ชฉ์ฐจ
์ ๊ธฐ์กด ์ปค๋ฅํฐ ๋ถ์์ ๋ฌธ์ ๊ฐ ๋๋๊ฐ?
Region-to-Region vs Track-to-Region ์ฐจ์ด ์์ ์ดํด
์ ํ๋ ๋ฌธ์ ์ ํต์ฌ: Crossing & Kissing ์ด์
์๋ก์ด ํด๋ฒ: Track-to-Region ์ ๊ทผ๋ฒ์ ์๋ฆฌ
DSS Studio ์ค์ ๋ถ์ ์ ์ฐจ (๋จ๊ณ๋ณ ๊ฐ์ด๋)
๊ฒฐ๊ณผ ํด์ ๋ฐฉ๋ฒ (0~1 ์์น์ ์๋ฏธ)
์ปค๋งจ๋๋ผ์ธ ๋ถ์ ๋ฐฉ๋ฒ
์ฐ๊ตฌ ๋ฐ ๊ฐ์ ํ์ฉ ์ ๋ต
๊ทธ๋ฆผ ์ค๋ช
์ฐธ๊ณ ์ฌ์ดํธ
์ฐธ๊ณ ๋ฌธํ
์ต์ข ์์ฝ
ํ๊ทธ๊ฒ์
1️⃣ ์ ๊ธฐ์กด ์ปค๋ฅํฐ ๋ถ์์ ๋ฌธ์ ๊ฐ ๋๋๊ฐ?
๋ ์ฐ๊ฒฐ๋ง ๋ถ์์์ ๊ฐ์ฅ ๋๋ฆฌ ์ฌ์ฉ๋ ๋ฐฉ๋ฒ์ Region-to-Region Connectome์ ๋๋ค.
์ด ๋ฐฉ์์:
์ธ๋ก์ถ = ๋ ์์ญ(Region)
๊ฐ๋ก์ถ = ๋ ์์ญ(Region)
๊ฐ ์นธ = ๋ ์์ญ ์ฌ์ด ์ฐ๊ฒฐ ๊ฐ๋
์ฆ, ์ ์ฌ๊ฐํ ํ๋ ฌ(Matrix) ๊ตฌ์กฐ์ ๋๋ค.
๊ทธ๋ฌ๋ ์ฌ๊ธฐ์ ์น๋ช ์ ์ธ ๋ฌธ์ ๊ฐ ์์ต๋๋ค.
“์ฐ๋ฆฌ๋ ๋ ์์ญ์ด ์ฐ๊ฒฐ๋๋์ง๋ ์์ง๋ง, ์ด๋ป๊ฒ ์ฐ๊ฒฐ๋๋์ง๋ ๋ชจ๋ฅธ๋ค.”¹
2️⃣ Region-to-Region vs Track-to-Region ์์ ๋น๊ต
✔ Region-to-Region Connectome
์์ญ ๊ฐ ์ฐ๊ฒฐ ๊ฐ๋ ๊ณ์ฐ
๊ธฐ๋ฅ์ MRI(fMRI)๋ ํ์ฐ MRI(Diffusion MRI)์์ ์ฌ์ฉ
๊ฒฐ๊ณผ๋ N x N ์ ์ฌ๊ฐ ํ๋ ฌ
๋ฌธ์ ์
์ค์ ๋ฐฑ์ง ๊ฒฝ๋ก(White Matter Tract) ๊ตฌ์กฐ๋ฅผ ๋ฐ์ํ์ง ๋ชปํจ
๊ฒฝ๋ก๊ฐ ํฉ์ณ์ง๋ ๊ตฌ๊ฐ์์ ์ ํํ ๋น์จ ๊ณ์ฐ ๋ถ๊ฐ๋ฅ
✔ Track-to-Region Connectome
์ธ๋ก์ถ = ๋ ์์ญ(Region)
๊ฐ๋ก์ถ = ํธ๋(Track, ์ ๊ฒฝ์ฌ์ ๋ค๋ฐ)
์ฆ, “ํธ๋ ํ๋๊ฐ ์ด๋ค ์์ญ๋ค์ ํต๊ณผํ๋๊ฐ?”๋ฅผ ์ธก์ ํฉ๋๋ค.
์์ ํ ๋ค๋ฅธ ๊ด์ ์ ๋๋ค.
3️⃣ ์ ํ๋ ๋ฌธ์ ์ ํต์ฌ: Crossing & Kissing
๐ด Crossing (๊ต์ฐจ ๋ฌธ์ )
๋ ์ ๊ฒฝ์ฌ์ ๊ฐ ๊ต์ฐจํ ๋
์ด๋ ์ฌ์ ๊ฐ ์ด๋ ์์ญ์ผ๋ก ๊ฐ๋์ง ๊ตฌ๋ถ ๋ถ๊ฐ
๐ด Kissing (์ ์ด ๋ฌธ์ )
์ฌ์ ๊ฐ ์ ์ ๋ถ์๋ค๊ฐ ๊ฐ๋ผ์ง๋ ๊ฒฝ์ฐ
์ ํํ ์ฐ๊ฒฐ ๋ฐฉํฅ ๊ณ์ฐ ๋ถ๊ฐ
์ด ๋ฌธ์ ๋ 2017๋ ASMR Tractography Competition ์ฐ๊ตฌ์์๋ ์ง์ ๋์์ต๋๋ค.
๊ฒฐ๋ก :
๊ธฐ์กด ๋ฐฉ์์ผ๋ก๋ “์ ํํ ์ฐ๊ฒฐ ๋น์จ” ๊ณ์ฐ์ด ์ฌ์ค์ ๋ถ๊ฐ๋ฅ
4️⃣ ์๋ก์ด ํด๋ฒ: Track-to-Region ์ ๊ทผ ์๋ฆฌ
ํต์ฌ ๊ฐ๋ :
✔ ํธ๋์ ํ๋์ “์์ฑ๋ ๊ฒฝ๋ก ๋จ์”๋ก ๋ณธ๋ค
✔ ์์ญ ๊ฐ ๋น์จ์ ๊ณ์ฐํ์ง ์๋๋ค
✔ “์ด ํธ๋์ด ์ด๋ค ์์ญ์ ์ผ๋ง๋ ํต๊ณผํ๋๊ฐ?”๋ง ๊ณ์ฐ
์ฆ,
๊ธฐ์กด ์ง๋ฌธ:
“A ์์ญ์์ B ์์ญ์ผ๋ก ๋ช % ์ฐ๊ฒฐ๋๋๊ฐ?”
์๋ก์ด ์ง๋ฌธ:
“์ด ํธ๋์ด B ์์ญ์ ์ผ๋ง๋ ์ ์ ํ๋๊ฐ?”
์ด๊ฒ์ด ๊ด์ ์ ํ(Paradigm Shift) ์ ๋๋ค.
5️⃣ DSS Studio ์ค์ ์ ์ฐจ ๊ฐ์ด๋
์ฌ์ฉ ํ๋ก๊ทธ๋จ:
DSI Studio
๊ณต์ ์ฌ์ดํธ:
https://dsi-studio.labsolver.org
๐ท STEP 1. ํ ํ๋ฆฟ ๋ถ๋ฌ์ค๊ธฐ
ํ๋ก๊ทธ๋จ ์คํ
Human adult atlas ์ ํ
3D ์ธํฐํ์ด์ค ํ์ธ
๐ท STEP 2. ํธ๋ ์์ฑ (Automatic Fiber Tracking)
์ถ์ฒ ๋ถ์ ๋์:
Arcuate Fasciculus
Cingulum
Inferior Fronto-Occipital Fasciculus
์ด๋ค์ Association Pathway(์ฐํฉ ๊ฒฝ๋ก) ๋ก
๊ฐ์ธ์ฐจ๊ฐ ํฌ๊ณ ์ธ์ง ๊ธฐ๋ฅ๊ณผ ์ฐ๊ด์ฑ์ด ๋์.
━━━━━━━━━━━━━━━━━━
๐ฆ ์คํ ์ฒดํฌ๋ฐ์ค
☑ Automatic Fiber Tracking ์คํ
☑ ์ข/์ฐ ์ฃผ์ ํธ๋ ์์ฑ
☑ ๋ถ์ ๋์ ํธ๋ ๋ชฉ๋ก ํ๋ณด
━━━━━━━━━━━━━━━━━━
๐ท STEP 3. ๋ ์์ญ Atlas ์ค์
์ถ์ฒ Atlas:
HCP MMP Atlas
Brodmann Area Atlas
━━━━━━━━━━━━━━━━━━
๐ฆ ์คํ ์ฒดํฌ๋ฐ์ค
☑ Region → Atlas ์ ํ
☑ ๋ชจ๋ ์์ญ ํ์ฑํ
━━━━━━━━━━━━━━━━━━
๐ท STEP 4. Track-to-Region ์๊ฐํ
์ต์ ๊ฒฝ๋ก:
Region Rendering → Region Color → Matrix → Current Track ์ ํ
์ปฌ๋ฌ๋งต์ ํตํด
“์ด๋ค ์์ญ์ด ์ผ๋ง๋ ์ฐ๊ฒฐ๋๋์ง” ์๊ฐํ ๊ฐ๋ฅ
๐ท STEP 5. ์์น ์ถ์ถ
๋ฉ๋ด:
Region → Track-to-Region Connectome
๊ฒฐ๊ณผ:
ํ(Row) = ํธ๋
์ด(Column) = ์์ญ
๊ฐ ๋ฒ์ = 0 ~ 1
6️⃣ ๊ฒฐ๊ณผ ํด์ ๋ฐฉ๋ฒ
์:
0.02 = ํด๋น ์์ญ์ 2% ๋ถํผ๊ฐ
ํด๋น ํธ๋์ ์ํด ํต๊ณผ๋จ
์ด ๊ฐ์:
Volume Ratio (๋ถํผ ๋น์จ)
= ํธ๋์ด ํด๋น ์์ญ์ ์ ์ ํ๋ ๋น์จ
์ค์:
✔ ๋์์๋ก ๊ธฐ๋ฅ์ ์ฐ๊ด์ฑ ๊ฐ๋ฅ์ฑ ์ฆ๊ฐ
✔ 0์ ๊ฐ๊น์ฐ๋ฉด ์ฐ๊ฒฐ ๊ฑฐ์ ์์
7️⃣ ์ปค๋งจ๋๋ผ์ธ ๋ถ์ ๋ฐฉ๋ฒ
DSI Studio ์น ๋ฌธ์ ์ฐธ๊ณ :
https://dsi-studio.labsolver.org/doc/region_and_tract_analysis.html
https://dsi-studio.labsolver.org/doc/region_and_tract_analysis.html
์ฌ์ฉ ์์:
subject.fib.gz ์ง์
์๋ ํธ๋ ๋ชฉ๋ก ์ง์
Atlas ์ด๋ฆ ์ง์
์ฌ๋ฌ Atlas๋ ์ผํ๋ก ๊ตฌ๋ถ
━━━━━━━━━━━━━━━━━━
๐ฆ ์ฐ๊ตฌ ์๋ํ ํ
☑ ์ฌ๋ฌ ํผํ์ ์ผ๊ด ๋ถ์
☑ Excel๋ก ๊ฒฐ๊ณผ ๋ณต์ฌ
☑ Python ํต๊ณ ์ฒ๋ฆฌ ์ฐ๊ฒฐ
━━━━━━━━━━━━━━━━━━
8️⃣ ๊ฐ์ ํ์ฉ ์ ๋ต
๊ฐ์์์ ์ด๋ ๊ฒ ์ค๋ช ํ๋ฉด ์ข์ต๋๋ค:
๊ธฐ์กด ๋ฐฉ์์ ํ๊ณ ๋จผ์ ์ ์
Crossing/Kissing ๊ทธ๋ฆผ์ผ๋ก ์ค๋ช
์ ๋ฐฉ์์ ์ฒ ํ ๊ฐ์กฐ
์ค์ DSI Studio ํ๋ฉด ์์ฐ
0.02 vs 0.20 ๋น๊ต ์ฌ๋ก ์ ์
“๋ฌธ์ ๋ฅผ ํด๊ฒฐํ๋ ๋ฐฉ๋ฒ์ ๋ฌธ์ ๋ฅผ ๋ค๋ฅธ ๊ฐ๋์์ ๋ณด๋ ๊ฒ์ด๋ค.”²
9️⃣ ์ดํด๋ฅผ ๋๋ ๊ทธ๋ฆผ
[๊ทธ๋ฆผ 1] ๊ธฐ์กด Region-to-Region ํ๋ ฌ ๊ตฌ์กฐ
[๊ทธ๋ฆผ 2] Crossing & Kissing ๊ตฌ์กฐ๋
[๊ทธ๋ฆผ 3] Track-to-Region ํ๋ ฌ ์์
※ ์ง์ ์์ฑ ๊ฐ๋ฅ ์ ์ฝ์ ๊ถ์ฅ
๐ ์ฐธ๊ณ ์ฌ์ดํธ
DSI Studio ๊ณต์ ํํ์ด์ง
https://dsi-studio.labsolver.orgDSI Studio ๋ถ์ ๋ฌธ์
https://dsi-studio.labsolver.org/doc/region_and_tract_analysis.htmlHuman Connectome Project
https://www.humanconnectome.org์๋ณธ ์์
https://www.youtube.com/watch?v=7Ns9vHl21J8
๐ ์ฐธ๊ณ ๋ฌธํ
Maier-Hein et al., 2017, Tractography Challenge Study
Human Connectome Project Atlas Papers
Diffusion MRI Methodology Review Articles
※ ์ผ๋ถ ์ค๋ช ์ ์ดํด๋ฅผ ๋๊ธฐ ์ํด ๋ณด๊ฐ ๋ฐ ์ฌ๊ตฌ์ฑํจ (์ถ๊ฐ ์ค๋ช ํฌํจ)
๐ง ์ต์ข ์์ฝ
✔ ๊ธฐ์กด Region-to-Region ๋ฐฉ์์ ๊ตฌ์กฐ์ ํ๊ณ ์กด์ฌ
✔ Crossing/Kissing ๋ฌธ์ ๋ก ์ ํ๋ ์ ํ
✔ Track-to-Region์ ๊ด์ ์ ํ ์ ๊ทผ๋ฒ
✔ ํธ๋ ๋จ์๋ก ์์ญ ์ ์ ์จ ๊ณ์ฐ
✔ DSS Studio์์ ์ฝ๊ฒ ๊ตฌํ ๊ฐ๋ฅ
๊ฒฐ๋ก :
์ ํ๋๋ฅผ ๋์ด๊ณ ์ถ๋ค๋ฉด
์ฐ๊ฒฐ์ “๋น์จ”๋ก ๊ณ์ฐํ์ง ๋ง๊ณ
“๊ฒฝ๋ก ๋จ์”๋ก ๋ณด์ญ์์ค.
์ด๊ฒ์ด ์ฐจ์ธ๋ ์ปค๋ฅํฐ ๋ถ์์ ๋ฐฉํฅ์ ๋๋ค.
๐ ํ๊ทธ๊ฒ์
#์ปค๋ฅํฐ #Connectome #DSIStudio #TrackToRegion #DiffusionMRI #๋ฐฑ์ง๋ถ์ #๋์ฐ๊ฒฐ๋ง #์ ๊ฒฝ๊ณผํ๊ฐ์ #์ฐ๊ตฌ๋ฐฉ๋ฒ๋ก #Neuroimaging
๋๊ธ
๋๊ธ ์ฐ๊ธฐ