🧠SUVr 계산 상세 설명: 3D Slicer로 뇌 PET 분석 완벽 마무리!

지금까지 3D Slicer로 brain PET 이미지를 parcellation하고 registration하고 SUV 값을 뽑아냈죠?
이제 마지막 단계인 SUVr (Standardized Uptake Value ratio) 계산 차례예요.
SUVr은 특정 뇌 영역의 SUV 값을 reference tissue(주로 소뇌)의 SUV 값으로 나눈 비율로, 알츠하이머·파킨슨 등 뇌 질환 연구에서 매우 중요해요.오늘은 SUVr 계산의 모든 것을 초보자도 따라 할 수 있도록
실제 Slicer 화면 기준으로 하나하나 자세히 설명해 드릴게요.
"소뇌로 나누면 뇌가 더 선명해지는 마법!"처럼 느껴보세요.사용 버전 정보

• 주 사용 버전: 3D Slicer 5.6.2 stable (2023년 12월 릴리스)
• 보조 확인 버전: 5.7.0 nightly (2025년 1월 빌드)
  → SUVr 계산은 대부분 CSV 파일로 내보내서 Excel에서 하므로 버전 차이는 거의 없습니다.

SUVr 계산 전체 흐름도 (한눈에 보기)

PETStandardUptakeValueComputation 모듈 실행
↓
각 영역별 SUV min/max/mean이 CSV로 저장됨
↓
CSV 파일 열기 (Excel 또는 Google Sheets)
↓
소뇌 영역 SUV mean 값 찾기
↓
각 영역 SUV mean ÷ 소뇌 SUV mean = SUVr
↓
새 열에 SUVr 값 입력 후 저장

1단계: PETStandardUptakeValueComputation 모듈에서 CSV 파일 얻기(이미 이전 단계에서 실행했다면 이 부분은 건너뛰세요)

1. Slicer에서 PETStandardUptakeValueComputation 모듈 열기
   → View → Modules → 검색창에 “PETStandardUptakeValueComputation” 입력 → 선택
2. 입력 설정 확인
   • PET Volume: 등록·정규화된 PET 볼륨 선택
   • VOI Volume: segment 파일(.seg.nrrd) 선택
   • PET DICOM Path: 원본 PET DICOM 폴더 경로 입력 (헤더 정보 필수)
3. Output CSV 체크박스 꼭 체크!
   → 체크 안 하면 CSV 파일이 안 만들어져요.
4. Compute 버튼 클릭 → 진행 바 끝나면
   → 오른쪽 패널에 SUV 값 문자열 출력
   → CSV 파일은 Slicer 실행 폴더 또는 지정 경로에 저장됨
   (예: C:\Users\YourName\Documents\Slicer\SUV_values_2025-02-01.csv)

팁
CSV 파일이 안 보이면 Slicer 종료 후 다시 열어보세요.
파일 이름에 날짜·시간이 붙어 나옵니다.2단계: CSV 파일 열기 & 소뇌 SUV mean 값 찾기

1. 컴퓨터에서 CSV 파일 더블클릭 → Excel 또는 Google Sheets 또는 LibreOffice Calc로 열기
2. 열 제목 확인
   • 보통 이렇게 나옵니다:
     LabelID | LabelName | SUVMin | SUVMax | SUVMean | PatientID | StudyDate 등
3. 소뇌 영역 찾기
   • LabelName 열에서 “Cerebellum” 또는 “소뇌” 또는 atlas에 따라
     “Left-Cerebellum-Cortex”, “Right-Cerebellum-Cortex” 등을 검색
   • 해당 행의 SUVMean 열 값 복사
     예: 소뇌 SUVMean = 2.15 (B10 셀이라고 가정)

실제 예시 (Harvard-Oxford atlas 기준)

• LabelID 8 또는 9 → 소뇌 영역
• SUVMean 값이 1.8~2.5 정도면 정상 범위 (환자마다 다름)

3단계: 새 Excel 시트에서 SUVr 계산

1. Excel 새 파일 열기 (또는 기존 CSV 파일에서 새 시트 추가)
2. 원본 데이터 복사
   • A1 셀: “LabelName”
   • B1 셀: “SUVMean”
   • C1 셀: “SUVr”
   • A2부터 LabelName, B2부터 SUVMean 복사·붙여넣기
3. 소뇌 SUV mean 값 고정 입력
   • 예: 소뇌 SUVMean이 B10 셀에 있다고 가정 → B10 셀 선택 → 복사
4. SUVr 공식 입력
   • C2 셀에 아래 공식 입력:
     =B2 / $B$10
     → B2 = 해당 영역 SUVMean
     → $B$10 = 소뇌 SUVMean (절대 참조로 고정 – $ 기호 중요!)
5. 채우기
   • C2 셀 오른쪽 아래 작은 네모(채우기 핸들) 잡고 아래로 드래그
     → 모든 영역 SUVr 자동 계산 완료!
6. 결과 확인
   • SUVr 값이 0.5~2.5 정도면 정상 범위 (뇌 영역·질환에 따라 다름)

4단계: Excel 파일 저장

1. 계산 완료 후 상단 메뉴 파일 → 다른 이름으로 저장 클릭
2. 파일 형식: Excel 통합 문서 (*.xlsx) 선택
3. 파일 이름 입력 (예: Brain_PET_SUVr_2025-02-01.xlsx)
4. 저장 위치 선택 (바탕화면 추천) → 저장 클릭
5. 저장 완료! 이제 이 파일을 논문·보고서·강의 자료에 바로 사용할 수 있어요.

5단계: 자동화하고 싶다면? Slicer Python으로 한 번에 SUVr 계산

1. Slicer에서 편집 → Python Interactor 클릭 → Python 콘솔 열기
2. 아래 코드 복사·붙여넣기 (CSV 경로와 소뇌 레이블 번호는 실제로 변경)
   import pandas as pd
   
   # CSV 파일 경로 (자신의 경로로 변경)
   csv_path = "C:/Users/YourName/SUV_values.csv"
   
   # CSV 읽기
   df = pd.read_csv(csv_path)
   
   # 소뇌 레이블 번호 (atlas에 따라 확인, 예: 8번)
   cerebellum_label = 8
   
   # 소뇌 SUVMean 찾기
   cerebellum_mean = df[df['LabelID'] == cerebellum_label]['SUVMean'].values[0]
   
   # SUVr 계산
   df['SUVr'] = df['SUVMean'] / cerebellum_mean
   
   # Excel로 저장
   output_excel = "C:/Users/YourName/Brain_PET_SUVr.xlsx"
   df.to_excel(output_excel, index=False)
   
   print(f"SUVr 계산 완료! 파일 저장: {output_excel}")

3. 콘솔에서 Enter 눌러 실행
   → 성공하면 “SUVr 계산 완료!” 메시지 + Excel 파일 생성

팁

• CSV 열 이름이 다르면 코드에서 ‘LabelID’, ‘SUVMean’ 부분을 실제 열 이름으로 바꾸세요.
• pandas는 Slicer에 기본 내장되어 있어 바로 사용 가능합니다.

요약 – SUVr 계산 & Excel 저장 전체 클릭 순서

1. PETStandardUptakeValueComputation 실행 → Output CSV 체크 → Compute → CSV 파일 생성
2. CSV 파일 열기 → 소뇌 SUVMean 값 찾기 (예: B10 셀)
3. 새 Excel 시트 → LabelName·SUVMean 복사 → C열에 공식 =B2 / $B$10 입력 → 드래그
4. 파일 → 다른 이름으로 저장 → .xlsx로 저장
5. 자동화 원하면 Python Interactor 열기 → 위 코드 실행 → Excel 자동 생성

이 순서대로 하면 중간에 멈추지 않고 SUVr 값 계산과 Excel 저장까지 완성할 수 있어요!참고문헌 & 유용한 링크

• 3D Slicer 공식 문서 – PETStandardUptakeValueComputation
  https://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/modules/petstandarduptakevaluecomputation.html
• Slicer Python Interactor 사용법
  https://slicer.readthedocs.io/en/latest/developer_guide/scripting/python.html
• Pandas to_excel 문서
  https://pandas.pydata.org/docs/reference/api/pandas.DataFrame.to_excel.html
• Slicer 포럼 – SUVr 계산 자동화 질문 모음
  https://discourse.slicer.org/search?q=SUVr%20python%20excel

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