๐ง ๋์ '๊ธธ'์ ์ฐพ๋ ์๋ก์ด ๋ฐฉ๋ฒ: T2R ์ปค๋ฅํฐ(Connectome) ๊ฐ์ด๋
๐ง ๋์ '๊ธธ'์ ์ฐพ๋ ์๋ก์ด ๋ฐฉ๋ฒ: T2R ์ปค๋ฅํฐ(Connectome) ๊ฐ์ด๋
ํ๋ ๋๊ณผํ์ ํ๋๋ฅผ ๋ฐ๊พธ๊ณ ์๋ ๋ ์ง๋ ์ ์์ ์ ๊ธฐ์ , ๋ฐ๋ก **ํธ๋-์์ญ ์ปค๋ฅํฐ(Tract-to-Region Connectome, ์ดํ T2R)**์ ๋ํด ์๋ฒฝํ๊ฒ ์ ๋ฆฌํด ๋๋ฆฌ๊ฒ ์ต๋๋ค.
๊ธฐ์กด์ ๋ฐฉ์์ด '๋์์ ๋์ ์ฌ์ด์ ๊ฑฐ๋ฆฌ'๋ง ์ธก์ ํ๋ค๋ฉด, ์ด ์๋ก์ด ๋ฐฉ์์ **'ํน์ ๊ณ ์๋๋ก๊ฐ ์ด๋ ๋์๋ค์ ํต๊ณผํ๋์ง'**๋ฅผ ๋ ์ ํํ๊ฒ ๋ณด์ฌ์ค๋๋ค. ๋ ๋ถ์์ ๊ณ ์๊ฐ ๋๊ณ ์ถ๋ค๋ฉด ์ด ์ ์ฐจ๋ฅผ ๋ฐ๋์ ์ตํ๋ณด์ธ์!
๐ ๋ชฉ์ฐจ
์ปค๋ฅํฐ์ ๊ธฐ์ด: ์์ญ-์์ญ vs ํธ๋-์์ญ
๊ธฐ์กด ๋ฐฉ์์ ์น๋ช ์ ๊ฒฐํจ: '๊ต์ฐจ์ ์ ๋ง์ถค' ๋ฌธ์
T2R์ ํ์ : ์ ์ด ๋ฐฉ์์ด ๋ ์ ํํ๊ฐ?
DSI Studio๋ฅผ ํ์ฉํ ์ค์ ๋ถ์ ์ ์ฐจ (์คํ ๊ฐ๋ฅ ์์ญ)
์ ๋ฌธ๊ฐ ํ: ๊ฒฐ๊ณผ ์๊ฐํ ๋ฐ ๋ฐ์ดํฐ ์ถ์ถ๋ฒ
์์ฝ ๋ฐ ํต์ฌ ์ ๋ฆฌ
1. ๐ ์ปค๋ฅํฐ์ ๊ธฐ์ด: ๋ฌด์์ด ๋ค๋ฅธ๊ฐ?
**์ปค๋ฅํฐ(Connectome/๋ ์ฐ๊ฒฐ ์ง๋)**์ ๋์ ์๋ก ๋ค๋ฅธ ์์ญ๋ค์ด ์ด๋ป๊ฒ ์ํตํ๋์ง๋ฅผ ๋ํ๋ธ ์ง๋์ ๋๋ค.
์์ญ-์์ญ ์ปค๋ฅํฐ (Region-to-Region): ์ ํต์ ์ธ ๋ฐฉ์์ ๋๋ค. ๋ฐ๋ํ ๊ฐ์ ์ ๋ฐฉ ํ๋ ฌ(Square Matrix)์ ์ฌ์ฉํ์ฌ 'A ์์ญ๊ณผ B ์์ญ์ด ์ฐ๊ฒฐ๋์๋๊ฐ?'๋ฅผ ์ธก์ ํฉ๋๋ค.
ํธ๋-์์ญ ์ปค๋ฅํฐ (Tract-to-Region): ์๋ก์ด ๋ฐฉ์์ ๋๋ค. ์ธ๋ก์ถ์๋ ๋ ์์ญ, ๊ฐ๋ก์ถ์๋ **๋ฐฑ์ง ํธ๋(White Matter Tract/์ ๊ฒฝ ๋ค๋ฐ)**์ ๋ก๋๋ค. ํน์ ์ ๊ฒฝ ๋ค๋ฐ์ด ๊ฐ ์์ญ๊ณผ ์ผ๋ง๋ ๊ฐ๋ ฅํ๊ฒ ์ฐ๊ฒฐ๋๋์ง๋ฅผ ๋งตํํฉ๋๋ค.
2. ⚠️ ๊ธฐ์กด ๋ฐฉ์์ ์น๋ช ์ ๊ฒฐํจ: '๊ต์ฐจ์ ์ ๋ง์ถค' ๋ฌธ์
์ ๊ธฐ์กด ๋ฐฉ์์ ์ถ์ฒํ์ง ์์๊น์? 2017๋ ์ ์ ๋ช ํ ์ฐ๊ตฌ¹์ ๋ฐ๋ฅด๋ฉด **์ฌ์ ์ถ์ ๋ฒ(Tractography)**์๋ ํ๊ณ๊ฐ ์๊ธฐ ๋๋ฌธ์ ๋๋ค.
"์ ๊ฒฝ ๋ค๋ฐ์ด ์๋ก ๊ต์ฐจํ๊ฑฐ๋(Crossing) ์ด์ง ์ค์ณ ์ง๋๊ฐ ๋(Kissing), ๊ธฐ์กด ๋ฐฉ์์ ์ด๋ฅผ ๊ตฌ๋ณํ์ง ๋ชปํด ์๋ชป๋ ์ฐ๊ฒฐ ์ ๋ณด๋ฅผ ์์ฑํฉ๋๋ค."
ISMRM Tractography Challenge (2017)¹
๊ต์ฐจ(Crossing): ๋ ๋๋ก๊ฐ ์ ์ฒด ๊ต์ฐจ๋ก์ฒ๋ผ ์๊ฐ๋ฆฌ๋ ํ์.
์ ๋ง์ถค(Kissing): ๋ ๋๋ก๊ฐ ๋๋ํ ๊ฐ๋ค๊ฐ ๋ค์ ๊ฐ๋ผ์ง๋ ํ์.
๊ธฐ์กด ๋ฐฉ์์ผ๋ก๋ ์ด ๋น์จ์ ์ ํํ ๊ณ์ฐํ๋ ๊ฒ์ด **๊ฑฐ์ ๋ถ๊ฐ๋ฅ(Almost impossible)**ํฉ๋๋ค.
3. ✨ T2R์ ํ์ : ์๋ก์ด ๊ด์
T2R ๋ฐฉ์์ ์ด ๊ณจ์น ์ํ ๋ฌธ์ ๋ฅผ **์ฐํ(Bypass)**ํฉ๋๋ค. ํน์ ํธ๋(์: ๊ถ์์) ์ ์ฒด๋ฅผ ํ๋์ ๊ฐ์ฒด๋ก ๋ณด๊ณ , ์ด ํธ๋์ด ๊ฐ ์์ญ(์: ๋ธ๋ก์นด ์์ญ, ๋ฒ ๋ฅด๋์ผ ์์ญ)๊ณผ ์ฐ๊ฒฐ๋ ์ ๋๋ง ์ธก์ ํ๊ธฐ ๋๋ฌธ์ ๋๋ค. ํจ์ฌ ๋ ์ง๊ด์ ์ด๊ณ ์ค๋ฅ๊ฐ ์ ์ต๋๋ค.
4. ๐ [์ค์ ์ ์ฐจ] DSI Studio๋ก T2R ์ปค๋ฅํฐ ๋ง๋ค๊ธฐ
์ด ์น์ ์ ์ฌ๋ฌ๋ถ์ ๊ฐ์์์ ์๊ฐ์๋ค์ด ์ง์ ๋ฐ๋ผ ํ ์ ์๋ ๊ฐ์ด๋์ ๋๋ค.
[ ๐ป T2R ์ปค๋ฅํฐ ๋ถ์ 3๋จ๊ณ ์คํ ๊ฐ์ด๋ ]
1๋จ๊ณ: ์ ๊ฒฝ ํธ๋(Tract) ์ ์ํ๊ธฐ
DSI Studio๋ฅผ ์คํํ๊ณ
Automatic Fiber Tracking๊ธฐ๋ฅ์ ์ฌ์ฉํฉ๋๋ค.์ฐํฉ ๊ฒฝ๋ก(Association pathway) ์ค **๊ถ์์(Arcuate Fasciculus)**์ด๋ ๋์์(Cingulum) ๊ฐ์ ์ฃผ์ ํธ๋์ ๋จผ์ ์ค์ ํ์ธ์. ์ด ํธ๋๋ค์ ๊ฐ์ธ๋ณ ์ฐจ์ด๊ฐ ์ปค์ ์ฐ๊ตฌ ๊ฐ์น๊ฐ ๋์ต๋๋ค.
2๋จ๊ณ: ๋ ์์ญ(Atlas) ์ค์ ํ๊ธฐ
ํธ๋์ด ์ด๋ ์์ญ์ ์ง๋๋์ง ์ ์ํด์ผ ํฉ๋๋ค.
HCP-MMP ๋๋ ์ ํต์ ์ธ ๋ธ๋ก๋๋ง ์์ญ(Brodmann Areas) ์ํ๋ผ์ค๋ฅผ ๋ก๋ํ์ฌ ๋์ ๊ตฌํ์ ๋๋๋๋ค.
3๋จ๊ณ: T2R ์ปค๋ฅํฐ ๋งคํธ๋ฆญ์ค ์์ฑ
Region๋ฉ๋ด์์Tract to Region Connectome๊ธฐ๋ฅ์ ์คํํฉ๋๋ค.๊ฒฐ๊ณผ๊ฐ(0~1 ์ฌ์ด)์ ๋ณต์ฌํ์ฌ Excel์ ๋ถ์ฌ๋ฃ์ผ์ธ์. 0.02๋ผ๋ ๊ฐ์ ํด๋น ์์ญ ๋ถํผ์ 2%๊ฐ ๊ทธ ํธ๋๊ณผ ์ฐ๊ฒฐ๋์ด ์์์ ์๋ฏธํฉ๋๋ค.
5. ๐จ ์ ๋ฌธ๊ฐ์ ์๊ฐํ ๋ฐ ๋ฐ์ดํฐ ์ถ์ถ
๋ถ์์ด ๋๋ฌ๋ค๋ฉด ๋์ผ๋ก ํ์ธํด์ผ๊ฒ ์ฃ ?
Matrix ์๊ฐํ:
Region rendering์ต์ ์์ ์์ ๊ธฐ์ค์Matrix๋ก ๋ฐ๊พธ๋ฉด, ํน์ ํธ๋๊ณผ ๊ฐ๋ ฅํ๊ฒ ์ฐ๊ฒฐ๋ ๋ถ์๊ฐ ๋จ๊ฑฐ์ด ์(Hot color)์ผ๋ก ํ์๋ฉ๋๋ค.๋ช ๋ น์ด ์ฌ์ฉ: ๋๋์ ๋ฐ์ดํฐ๋ฅผ ๋ถ์ํ ๋๋ ์น์ฌ์ดํธ์
์ ์ฐธ์กฐํ์ฌ ์ปค๋งจ๋๋ผ์ธ(Command line) ๋ช ๋ น์ด๋ฅผ ํ์ฉํ์ธ์.DSI Studio Documentation
๐ก ๊ฐ์๋ฅผ ์ํ ์ถ๊ฐ ์ค๋ช (Labeling: ์ถ๊ฐ ์ ๋ณด)
[์ถ๊ฐ ์ ๋ณด: ๋ฐฑ์ง ํธ๋์ ์ค์์ฑ]
๋์ ๊ธฐ๋ฅ์ ๋ณํ๋ ์ง๋ณ ์ํ๋ฅผ ์ดํดํ ๋, ๋ ์์ญ ๊ทธ ์์ฒด๋ณด๋ค ์์ญ๋ค์ ์ด์ด์ฃผ๋ **๋ฐฑ์ง ํธ๋(White Matter Tracks)**์ ์ํ๊ฐ ๋ ์ค์ํ ์ ๋ณด๊ฐ ๋๋ ๊ฒฝ์ฐ๊ฐ ๋ง์ต๋๋ค. T2R์ ์ด ํธ๋์ ๊ฑด๊ฐ ์ํ๋ฅผ ์์นํํ๋ ๊ฐ์ฅ ์ง๋ณด๋ ๋ฐฉ๋ฒ์ ๋๋ค. [์ถ๊ฐ๋จ]
[์ฐธ๊ณ ๋ฌธํ]
Maier-Hein, K. H., et al. (2017). "The challenge of mapping the human connectome based on diffusion tractography." Nature Communications. (๊ธฐ์กด ๋ฐฉ์์ ํ๊ณ๋ฅผ ์ง์ ํ ํต์ฌ ๋ ผ๋ฌธ) [์ถ๊ฐ๋จ]
DSI Studio Online Documentation: Tract Analysis ์น์ . [์ถ๊ฐ๋จ]
๐ ์์ฝ: ์ด๊ฒ๋ง์ ๊ธฐ์ตํ์ธ์!
์ ํต์ ๋ฐฉ์์ ํ๊ณ: ์ฌ์ ์ ๊ต์ฐจ/์ ๋ง์ถค ๋ฌธ์ ๋ก ์ฐ๊ฒฐ ๊ฐ๋๊ฐ ๋ถ์ ํํ ์ ์์.
T2R์ ์ฅ์ : ํธ๋ ์ ์ฒด๋ฅผ ํ๋์ ๋จ์๋ก ๋ถ์ํ์ฌ ๋ณต์กํ ํด๋ถํ์ ์ค๋ฅ๋ฅผ ์ฐํํจ.
ํต์ฌ ๋๊ตฌ: DSI Studio๋ฅผ ์ฌ์ฉํด ์๋ ํธ๋ํน๊ณผ ์ํ๋ผ์ค ๋งคํ์ ๊ฒฐํฉํจ.
๋ฐ์ดํฐ ํ์ฉ: ์์ ๋ก ์ถ์ถ๋ '๋ถํผ ๋น์จ' ๋ฐ์ดํฐ๋ฅผ ํตํด ๊ฐ์ธ๋ณ ๋ ์ง๋๋ฅผ ์ ๋ฐํ๊ฒ ๋น๊ต ๊ฐ๋ฅ.
ํ๊ทธ: #๋๊ณผํ #์ปค๋ฅํฐ #DSIStudio #๋์ง๋ #T2R #์ ๊ฒฝ๊ณผํ #๋ฐ์ดํฐ๋ถ์ #๋ฐฑ์งํธ๋ #์ปค๋ฅํฐ๊ฐ์ #๋ํด๋ถํ
[Blogger/Blogspot ๊ฒ์ ์ค๋ช ]
์ ํต์ ์ธ ๋ ์ฐ๊ฒฐ ๋ฐฉ์์ ์น๋ช ์ ๊ฒฐํจ(๊ต์ฐจ ์ค๋ฅ)์ ํด๊ฒฐํ 3๋จ๊ณ T2R ์ปค๋ฅํฐ ๋ถ์ ๊ฐ์ด๋! DSI Studio๋ฅผ ํ์ฉํ ์ ํํ ๋ ์ง๋ ์ ์๋ฒ์ผ๋ก ์ฐ๊ตฌ์ ์ง์ 2๋ฐฐ ๋์ด์ธ์. (142์)
"์ฐ๋ฆฌ๋ ํธ๋์ด ์ด๋ป๊ฒ ๊ผฌ์ฌ ์๋์ง ๋ชจ๋ฅด์ง๋ง, ์ ์ฒด ํธ๋์ด ์ด๋์ ๋ฟ๋์ง๋ ์ ์ ์์ต๋๋ค. ์ด๊ฒ์ด T2R์ด ์ฃผ๋ ํต์ฐฐ์ ๋๋ค."²
² ์ฃผ์: ์์ ์ ๊ฐ์์๊ฐ T2R์ ์ฒ ํ์ ์ค๋ช ํ๋ฉฐ ๊ฐ์กฐํ ๋ด์ฉ์ ๋๋ค.
๋๊ธ
๋๊ธ ์ฐ๊ธฐ